在SAM輸出的結(jié)果中每一行都包括十二項(xiàng)通過(guò)Tab分隔，從左到右分別是：

1 序列的名字

2 概括出一個(gè)合適的標(biāo)記，各個(gè)數(shù)字分別代表

• 1  序列是一對(duì)序列中的一個(gè)
• 2  比對(duì)結(jié)果是一個(gè)pair-end比對(duì)的末端
• 4  沒(méi)有找到位點(diǎn)
• 8  這個(gè)序列是pair中的一個(gè)但是沒(méi)有找到位點(diǎn)
• 16  在這個(gè)比對(duì)上的位點(diǎn)，序列與參考序列反向互補(bǔ)
• 32  這個(gè)序列在pair-end中的的mate序列與參考序列反響互補(bǔ)
• 64 序列是 mate 1
• 128 序列是 mate 2

假如說(shuō)標(biāo)記為以上列舉出的數(shù)目，就可以直接推斷出匹配的情況。假如說(shuō)標(biāo)記不是以上列舉出的數(shù)字，比如說(shuō)83=（64+16+2+1），就是這幾種情況值和。

3  參考序列的名字

4 在參考序列上的位置

5  mapping qulity   越高則位點(diǎn)越獨(dú)特

bowtie2有時(shí)并不能完全確定一個(gè)短的序列來(lái)自與參考序列的那個(gè)位置，特別是對(duì)于那些比較簡(jiǎn)單的序列。但是bowtie2會(huì)給出一個(gè)值來(lái)顯示出 這個(gè)段序列來(lái)自某個(gè)位點(diǎn)的概率值，這個(gè)值就是mapping qulity。Mapping qulity的計(jì)算方法是：Q=-10log10p，Q是一個(gè)非負(fù)值，p是這個(gè)序列不來(lái)自這個(gè)位點(diǎn)的估計(jì)值。

假如說(shuō)一條序列在某個(gè)參考序列上找到了兩個(gè)位點(diǎn)，但是其中一個(gè)位點(diǎn)的Q明顯大于另一個(gè)位點(diǎn)的Q值，這條序列來(lái)源于前一個(gè)位點(diǎn)的可能性就比較大。Q值的差距越大，這獨(dú)特性越高。

Q值的計(jì)算方法來(lái)自與SAM標(biāo)準(zhǔn)格式，請(qǐng)查看SAM總結(jié)。

6 代表比對(duì)結(jié)果的CIGAR字符串，如37M1D2M1I，這段字符的意思是37個(gè)匹配，1個(gè)參考序列上的刪除，2個(gè)匹配，1個(gè)參考序列上的插入。M代表的是alignment match(可以是錯(cuò)配)

7  mate 序列所在參考序列的名稱

8 mate 序列在參考序列上的位置

9  估計(jì)出的片段的長(zhǎng)度，當(dāng)mate 序列位于本序列上游時(shí)該值為負(fù)值。

10 read的序列

11 ASCII碼格式的序列質(zhì)量

12 可選的區(qū)域

• AS:i  匹配的得分
• XS:i  第二好的匹配的得分
• YS:i  mate 序列匹配的得分
• XN:i  在參考序列上模糊堿基的個(gè)數(shù)
• XM:i  錯(cuò)配的個(gè)數(shù)
• XO:i  gap open的個(gè)數(shù)
• XG:i  gap 延伸的個(gè)數(shù)
• NM:i  經(jīng)過(guò)編輯的序列
• YF:i  說(shuō)明為什么這個(gè)序列被過(guò)濾的字符串
• YT:Z
• MD:Z  代表序列和參考序列錯(cuò)配的字符串