營改增前，土地使用者將土地使用權歸還給土地所有者不征收營業(yè)稅，并且《國家稅務總局關于單位和個人土地被國家征用取得土地及地上附著物補償費有關營業(yè)稅的批復》（國稅函〔2007〕969號）明確規(guī)定：“對國家因公共利益或城市規(guī)劃需要而收回單位和個人所擁有的土地使用權，并按照《中華人民共和國土地管理法》規(guī)定標準支付給單位和個人的土地及地上附著物（包括不動產）的補償費不征收營業(yè)稅?！睜I改增之后，財稅〔2016〕36號附件3 《營業(yè)稅改征增值稅試點過渡政策的規(guī)定》規(guī)定：土地所有者出讓土地使用權和土地使用者將土地使用權歸還給土地所有者免征增值稅。但對收回土地使用權給予地上建筑物補償是否繳納增值稅并無明確規(guī)定。湖北國稅營改增政策執(zhí)行口徑第三輯規(guī)定：納稅人將國有土地使用權交由土地收購儲備中心收儲，取得的建筑物、構筑物和機器設備的補償收入征收增值稅，取得的其他補償收入免征增值稅。納稅人享受土地使用權補償收入免征增值稅政策時，需要出具縣級（含）以上地方人民政府收回土地使用權的正式文件，包括縣級（含）以上地方人民政府出具的收回土地使用權文件以及土地管理部門報經縣級以上（含）地方人民政府同意后由該土地管理部門出具的收回土地使用權文件。因此，根據湖北省國家稅務局的口徑，收回土地使用權取得的補償應當區(qū)分情況：取得的建筑物、構筑物和機器設備的補償收入應當征收增值稅，除此外取得的其他補償收入，包括土地補償以及地面附著物的補償在內應當免征增值稅。

《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》（國務院令〔1993〕第138號）八條第（二）項規(guī)定：因國家建設需要依法征用、收回的房地產免征土地增值稅。《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》第十一條第三款規(guī)定：“條例第八條(二)項所稱的因國家建設需要依法征用、收回的房地產，是指因城市實施規(guī)劃、國家建設的需要而被政府批準征用的房產或收回的土地使用權。因城市實施規(guī)劃、國家建設的需要而搬遷，由納稅人自行轉讓原房地產的，比照本規(guī)定免征土地增值稅。符合上述免稅規(guī)定的單位和個人，須向房地產所在地稅務機關提出免稅申請，經稅務機關審核后，免予征收土地增值稅。而且《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅若干問題的通知》（財稅〔2006〕21號）第四條規(guī)定，所稱因“城市實施規(guī)劃”而搬遷，是指因舊城改造或因企業(yè)污染、擾民（指產生過量廢氣、廢水、廢渣和噪音，使城市居民生活受到一定危害），而由政府或政府有關主管部門根據已審批通過的城市規(guī)劃確定進行搬遷的情況；因“國家建設的需要”而搬遷，是指因實施國務院、省級人民政府、國務院有關部委批準的建設項目而進行搬遷的情況。因此，對國家建設需要而搬遷的，強調的是國務院、省級人民政府、國務院有關部委批準的建設項目，城市實施規(guī)劃搬遷的原因也進行了界定。目前的政策只對因國家建設需要和城市實施規(guī)劃搬遷而補償的才能免征。但是現實中被依法收回而搬遷的原因是相當復雜的，如因產業(yè)結構調整、國有企業(yè)改制等原因而收回的國有劃撥建設用地，市、縣人民政府批準的建設項目而依法收回的等，這些能否免征土地增值稅沒有明確。

根據《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》（中華人民共和國主席令第六十三號）規(guī)定：企業(yè)每一納稅年度的收入總額，減除不征稅收入、免稅收入、各項扣除以及允許彌補以前年度虧損后的余額，為應納稅所得額。另外，根據《國家稅務總局關于發(fā)布<企業(yè)政策性搬遷所得稅管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2012年第40號）規(guī)定，符合政策性搬遷的企業(yè)，企業(yè)的搬遷收入，扣除搬遷支出后的余額，為企業(yè)的搬遷所得。企業(yè)應在搬遷完成年度，將搬遷所得計入當年度企業(yè)應納稅所得額計算納稅。企業(yè)政策性搬遷，是指由于社會公共利益的需要，在政府主導下企業(yè)進行整體搬遷或部分搬遷。企業(yè)由于下列需要之一，提供相關文件證明資料的，屬于政策性搬遷：（一）國防和外交的需要；（二）由政府組織實施的能源、交通、水利等基礎設施的需要；（三）由政府組織實施的科技、教育、文化、衛(wèi)生、體育、環(huán)境和資源保護、防災減災、文物保護、社會福利、市政公用等公共事業(yè)的需要；（四）由政府組織實施的保障性安居工程建設的需要；（五）由政府依照《中華人民共和國城鄉(xiāng)規(guī)劃法》有關規(guī)定組織實施的對危房集中、基礎設施落后等地段進行舊城區(qū)改建的需要；（六）法律、行政法規(guī)規(guī)定的其他公共利益的需要。因此，政府收回土地使用權首先看是否屬于政策性搬遷，如果符合政策性搬遷，在搬遷完成年度（最長5年）將搬遷所得計入當年度企業(yè)應納稅所得額計算納稅；如果不符合政策性搬遷，應在取得搬遷收入當年將收入并入全部收入計算繳納企業(yè)所得稅。

根據《中華人民共和國契稅暫行條例細則》第十五條的規(guī)定，土地、房屋被縣級以上人民政府征用、占用后，重新承受土地、房屋權屬的，是否減征或者免征契稅，由省、自治區(qū)、直轄市人民政府確定。另外，根據《中華人民共和國契稅暫行條例》第一條規(guī)定，在中華人民共和國境內轉移土地、房屋權屬，承受的單位和個人為契稅的納稅人，應當依照本條例的規(guī)定繳納契稅。第二條規(guī)定，本條例所稱轉移土地、房屋權屬是指下列行為：（一）國有土地使用權出讓；（二）土地使用權轉讓，包括出售、贈與和交換；（三）房屋買賣；（四）房屋贈與；（五）房屋交換。政府收回土地使用權不屬于土地使用權轉讓，所以，政府收回土地使用權不屬于契稅征稅范圍。

根據《財政部、國家稅務總局關于印花稅若干政策的通知》（財稅〔2006〕162 號）第三條規(guī)定，對土地使用權出讓合同、土地使用權轉讓合同按產權轉移書據征收印花稅。 因此，土地部門收回土地所簽訂的合同不屬于應稅合同，不用繳納印花稅。