2016年10月11日，中央全面深化改革領導小組第二十八次會議審議通過《關于全面推行河長制的意見》，標志著河長制從面對水危機的應急之策上升為國家意志。截止到2017年12月10日，省市縣鄉(xiāng)四級近31萬名，村級近61萬名河長盡職履責，積極踐行“讓每條河流清澈”的承諾，整合各部門資源，“治、整、管”齊抓，有效破解治水難題，人水和諧的河湖生態(tài)新格局正在形成。各省區(qū)市將以更加飽滿的工作狀態(tài)，持續(xù)加快全面推行河長制工作步伐。

1月21日，中國政府網發(fā)布《國務院關于第三批取消中央指定地方實施行政許可事項的決定》，國務院定第三批取消39項中央指定地方實施的行政許可事項，其中涉及水利工程3項，如下：1、水利施工圖設計文件審批；2、在堤防上新建建筑物及設施竣工驗收；3、水利工程采用沒有國家技術標準的新技術、新材料審定。

在2016年度國家科學技術獎勵大會上，4項水利成果榮獲國家科學技術獎勵，其中，國家科技進步獎一等獎1項，二等獎2項，國家技術發(fā)明獎二等獎1項，分別如下：

河海大學王沛芳教授主持完成的“生態(tài)節(jié)水型灌區(qū)建設關鍵技術及應用”榮獲2016年國家科技進步一等獎。

中國水利水電科學研究院賈金生教高主持完成的“高混凝土壩結構安全關鍵技術研究與實踐”和劉之平教高主持完成的“長距離輸水工程水力控制理論與關鍵技術”榮獲國家科技進步二等獎。

南京水利科學研究院胡少偉教高主持完成的“復雜水工混凝土結構服役性態(tài)診斷技術與實踐”榮獲國家技術發(fā)明獎二等獎

為落實《國務院關于全國重要江河湖泊水功能區(qū)劃（2011-2030年）的批復》《中共中央辦公廳 國務院辦公廳關于全面推行河長制的意見》等文件要求，全面加強水功能區(qū)監(jiān)督管理，有效保護水資源，保障水資源的可持續(xù)利用，推進生態(tài)文明建設，依據(jù)《中華人民共和國水法》《中華人民共和國水污染防治法》等法律法規(guī)，水利部對《水功能區(qū)管理辦法》進行了修訂，并更名為《水功能區(qū)監(jiān)督管理辦法》，4月1日實施。

今年3月22日是第二十五屆“世界水日”，第三十屆“中國水周”聯(lián)合國確定今年“世界水日”的宣傳主題是“廢水”，我國紀念“世界水日”和開展“中國水周”活動的宣傳主題是“落實綠色發(fā)展理念，全面推行河長制”。水利部部長陳雷發(fā)表署名文章《堅持生態(tài)優(yōu)先綠色發(fā)展 以河長制促進河長治》

3月15日，《水利部關于公布2016年國家水情教育基地名單的通知》（水辦〔2017〕118號）印發(fā)，確定12家單位為國家水情教育基地，分別是：黃河水利文化博物館、蘇州河夢清園環(huán)保主題公園、宿遷水利遺址公園、浙江水利水電學院水文化研究教育中心、戴村壩、黃河博物館、小浪底水利樞紐工程、駐馬店市“75·8”防洪教育基地、長江文明館、三峽水利樞紐工程、都江堰水利工程、寧夏水利博物館。國家水情教育基地的任務是面向公眾開展水情教育，引導公眾認知國情水情、了解水利，增強水安全、水憂患、水道德意識，促進形成知水、節(jié)水、護水、親水的社會風尚。經過2014—2015年、2016年兩批基地設立工作，目前總計已有20家。

4月底，水利部發(fā)布《關于調整水利工程建設項目施工準備開工條件的通知》，將水利工程建設項目施工準備開工的條件調整為：

項目可行性研究報告已經批準；

環(huán)境影響評價文件等已經批準；

年度投資計劃已下達或建設資金已落實。

5月12日，為加強和規(guī)范國家地下水監(jiān)測工程（水利部分）驗收工作，水利部印發(fā)《國家地下水監(jiān)測工程（水利部分）驗收管理辦法》

6月，水利部決定在全國開展綠色小水電站創(chuàng)建工作，以更好地發(fā)揮小水電在節(jié)能減排、改善民生、修復生態(tài)等方面的作用，推動小水電科學發(fā)展。綠色小水電站創(chuàng)建工作要貫徹“創(chuàng)新、協(xié)調、綠色、開放、共享”的新發(fā)展理念。創(chuàng)建目標是到2020年，力爭單站裝機容量10兆瓦以上、國家重點生態(tài)功能區(qū)范圍內1兆瓦以上、中央財政資金支持過的電站創(chuàng)建為綠色小水電站。

《2016中國環(huán)境狀況公報》顯示，浙閩片河流、西北諸河和西南諸河水質為優(yōu)，長江和珠江流域水質良好，黃河、松花江、淮河和遼河流域為輕度污染，海河流域為重度污染。

自2017年7月1日起，國家重大水利工程建設基金和大中型水庫移民后期扶持基金的征收標準統(tǒng)一降低25%。降低征收標準后，兩項政府性基金的征收管理、收入劃分、使用范圍等仍按現(xiàn)行規(guī)定執(zhí)行。

6月，水利部黨組書記、部長陳雷主持召開部務擴大會議，深入學習貫徹全國深化簡政放權放管結合優(yōu)化服務改革電視電話會議精神，研究部署進一步深化水利“放管服”改革。在已減少26項水行政審批、減幅已達54%的基礎上，再取消建設項目水資源論證報告書審批、壩頂兼做公路審批、利用堤頂戧臺兼做公路審批、生產建設項目水土保持設施驗收審批和水利工程啟閉機使用許可證核發(fā)等5項行政審批事項，將水行政審批事項進一步減少為17項。對取消的行政審批事項，要逐項明確監(jiān)管責任，細化監(jiān)管措施，做到有效銜接、平穩(wěn)過渡，防止出現(xiàn)“監(jiān)管真空”。

7月8日在捷克布拉格召開的國際大壩委員會第85屆執(zhí)行會議上，中國工程院院士鄭守仁榮獲國際大壩委員會終身成就獎。鄭守仁于1994年以來擔任長江水利委員會總工程師，并長期負責三峽工程的設計工作。在授獎儀式上，國際大壩委員會主席安東·斯萊斯高度贊揚了鄭守仁院士對中國和世界大壩發(fā)展所做出的卓越貢獻，贊揚了他從事水利水電工作50多年來潛心壩工技術、孜孜不倦追求的工匠精神，高度評價了他在推動中國水庫大壩建設技術進步方面所取得的突出成就及在水庫大壩公眾認知、知識傳承等方面做出的重大貢獻。

7月，通過調查核實，甘肅祁連山國家級自然保護區(qū)涉水生態(tài)環(huán)境破壞問題突出。一部分水電設施違法建設、違規(guī)運行。當?shù)卦谄钸B山區(qū)域黑河、石羊河、疏勒河等流域高強度開發(fā)水電項目，共建有水電站150余座，其中42座位于保護區(qū)內，存在違規(guī)審批、未批先建、手續(xù)不全等問題。由于在設計、建設、運行中對生態(tài)流量考慮不足，導致下游河段出現(xiàn)減水甚至斷流現(xiàn)象，水生態(tài)系統(tǒng)遭到嚴重破壞。中央對甘肅祁連山國家級自然保護區(qū)生態(tài)環(huán)境破壞典型案例進行了深刻剖析，并對有關責任人作出嚴肅處理。

由于區(qū)域性的暴雨，2017年7月26日凌晨，位于陜西省榆林市大理河縣城上游的清水溝水庫出現(xiàn)漫頂現(xiàn)象，引發(fā)重大險情，13時50分水庫發(fā)生決口，庫水泄入大理河。