DIA綜合了DDA和SRM的優(yōu)勢。在DIA分析中，指定質(zhì)荷比（m/z）窗口內(nèi)的所有肽段都經(jīng)過裂解；分析重復(fù)，直至質(zhì)譜儀覆蓋整個m/z范圍，采集所有母離子的碎片離子信息進(jìn)行蛋白定性和定量。示意圖如下。

與DDA相比，DIA技術(shù)優(yōu)勢

• 全景式掃描，數(shù)據(jù)無遺漏，定量準(zhǔn)確性大大提高

• 不受樣本量限制，重復(fù)性好，適合大樣本量

• 數(shù)據(jù)可回溯

  
  

空說無憑，文章才是硬實力

這篇文章發(fā)表在蛋白組學(xué)主流雜志JPR（IF:4.28）上，由下圖我們不難發(fā)現(xiàn)相同的樣本DIA比DDA鑒定出多一倍的肽段和蛋白數(shù)目（蛋白數(shù)目DIA：1301，DDA：638），因此缺失值大大減少。此外，DIA的肽段和蛋白定量變異系數(shù)CV值分別為6.7%和8.1%，DDA的肽段和蛋白定量CV值分別為15.7%和16.3%，可見DIA定量更準(zhǔn)確。

類似的，下面這篇發(fā)表在蛋白組學(xué)頂級雜志Molecular & Cellular Proteomics（IF：6.5）上的文章也得出相同的結(jié)論。

小編閉嘴了，各位童鞋請看圖。

接下來的這篇文章十分有趣，我們知道實驗結(jié)果的重復(fù)性是進(jìn)行科學(xué)研究的基礎(chǔ)。Ruedi Aebersold教授聯(lián)合全球不同地點(diǎn)的11家質(zhì)譜實驗室，采用相同的實驗和分析流程，對SWATH（DIA）技術(shù)進(jìn)行綜合評估。

該研究團(tuán)隊將同一份樣品分成相同的11份分發(fā)給全球范圍內(nèi)的11個實驗室，分別評估1天、1周內(nèi)不同地點(diǎn)的 DIA 數(shù)據(jù)采集情況。

1.蛋白鑒定情況

在全球11個實驗室采集的229份SWATH-MS數(shù)據(jù)中，過濾條件為蛋白水平FDR 1%，共檢測到4984種蛋白，4077種蛋白在超過80%的樣本中被檢測到。

2.定量重現(xiàn)性

經(jīng)過肽段水平的中位數(shù)均一化后，利用4077種在超過80%樣本中檢測到的蛋白去計算同一天內(nèi)、不同天內(nèi)、不同實驗室數(shù)據(jù)采集之間的變異系數(shù)，分別是8.3 ± 16.2%, 11.9 ± 17.2%, and 22.0 ± 17.4%。

3.線性和動態(tài)范圍

利用樣本中加入的同位素標(biāo)準(zhǔn)肽段，在每個實驗室計算梯度濃度設(shè)置的標(biāo)準(zhǔn)肽定量結(jié)果線性擬合系數(shù)，平均決定系數(shù)（R2）是0.97。去除高濃度肽段信號飽和的點(diǎn)，決定系數(shù)增加到0.99。在樣本之間設(shè)置的標(biāo)準(zhǔn)肽理論倍數(shù)有9和27，實際檢測到的差異倍數(shù)是7.49和19.6，主要原因也是高濃度的標(biāo)準(zhǔn)肽已經(jīng)導(dǎo)致質(zhì)譜儀信號檢測飽和。

4.SWATH-MS靈敏度和MS1相比較

SWATH-MS的LLOQ（甚低定量限）在10-18到10-15摩爾每μg樣本。在數(shù)據(jù)分析上，本研究比較了利用MS1定量和SWATH-MS定量的LLOQ。SWATH-MS的信號在低水平濃度情況下，不易受母離子信號干擾，所以，LLOQ比MS1定量方法低1個數(shù)量級，SWATH-MS定量靈敏性更優(yōu)。

5.全球范圍內(nèi)蛋白定量豐度的相似性比較

研究衡量不同實驗室定量結(jié)果的相似性，計算了229個數(shù)據(jù)之間任意兩個的泊松相關(guān)系數(shù)，最低是0.868，中位數(shù)是0.94。另外，單獨(dú)計算了每個實驗室內(nèi)采集數(shù)據(jù)的相關(guān)性，泊松系數(shù)是0.948到0.984，中位數(shù)是0.971。說明，數(shù)據(jù)采集地點(diǎn)的不同對定量結(jié)果影響極小。

該文章最后得出不同實驗室采用DIA/SWATH技術(shù)可得到重現(xiàn)性很好的蛋白組定量數(shù)據(jù)，本研究為DIA/SWATH技術(shù)在大規(guī)模蛋白定量領(lǐng)域開展應(yīng)用確定基礎(chǔ)。