公元396年八月底，拓跋珪大舉伐燕，并很快攻占并州以及除了后燕都城中山，鄴城，和信都以外的大部分地盤。

公元397年春正月，守衛(wèi)鄴城的慕容德向后秦求救，后秦不肯出兵，于是鄴中人心惶惶。賀賴盧自以為是拓跋珪的舅舅，便不肯接受拓跋儀的節(jié)度，因此和拓跋儀有矛盾。拓跋儀的司馬丁建暗中和慕容德通款，于是趁機(jī)更加挑撥離間他們，同時(shí)還將這情報(bào)用箭射進(jìn)城里。幾天后，有大風(fēng)陰霾，白天也一片昏暗。賀賴盧軍營(yíng)著火，丁建便跟拓跋儀說：賀賴盧燒了軍營(yíng)，看來要反叛了。拓跋儀信以為真，便帶兵退走。賀賴盧聽說后，也跟著退兵。丁建于是帶領(lǐng)他的部眾前往投降慕容德，并且聲言拓跋儀的部隊(duì)已經(jīng)疲憊不堪，是攻擊他們的時(shí)候了。慕容德便派桂陽(yáng)王慕容鎮(zhèn)和南安王慕容青率領(lǐng)七千騎兵追擊并大破魏軍。

同時(shí)慕容寶也派左衛(wèi)將軍慕輿騰進(jìn)攻博陵，殺了北魏安置的地方官吏。

王建等將領(lǐng)攻打信都，六十天了都打不下來，士兵傷亡的很多。不久，拓跋珪親自率軍進(jìn)攻信都。第三天夜里，后燕守將宜都王慕容鳳爬出城逃到中山去了。次日，信都就投降了北魏。

慕容寶聽說拓跋珪攻打信都，便進(jìn)駐深澤，派慕容麟進(jìn)攻楊城，殺了守兵三百人。慕容寶拿出宮里的珍寶以及宮女用來招募周圍郡縣的男丁，君子也好盜賊也好，一同來抗擊北魏。

二月初一，拓跋珪回到楊城。沒根兄長(zhǎng)的兒子丑提時(shí)任并州監(jiān)軍，聽說他叔父降燕，害怕受到牽連，便率領(lǐng)自己的部眾回國(guó)作亂。拓跋珪于是打算北歸，便派他的相國(guó)涉延向后燕求和，并且請(qǐng)求送自己的弟弟為人質(zhì)。慕容寶聽說北魏有內(nèi)難，便不肯答應(yīng)，反而派冗從仆射蘭真前去譴責(zé)拓跋珪忘恩負(fù)義，同時(shí)發(fā)動(dòng)所有的十二萬步兵和三萬七千騎兵進(jìn)駐曲陽(yáng)的柏肆，埋伏在滹沲水北岸準(zhǔn)備伏擊魏軍。初九，魏軍來到，在滹沲水南岸扎營(yíng)。慕容寶暗中率軍夜渡，招募了一萬多名勇士偷襲魏營(yíng)，慕容寶在魏營(yíng)的北面布陣為之聲援。這些勇士乘風(fēng)縱火，急速進(jìn)擊魏軍。魏軍大亂。拓跋珪從床上驚起，丟棄了軍營(yíng)赤腳逃走。后燕將軍乞特真帶領(lǐng)一百多人來到他的帳下，獲得拓跋珪的衣服靴子。但是這些招募來的士兵無故自驚，互相砍殺射擊。拓跋珪在軍營(yíng)外見狀大喜，便擊鼓召集部眾，于是左右隨從以及中軍將士相繼集中過來，讓士兵在營(yíng)外高舉火炬，然后騎馬向燕軍猛沖過去。招募來的燕兵因此大敗，逃回到慕容寶的陣容里，慕容寶只好帶著他們渡過滹沲水往北退走。次日，魏軍重整旗鼓，又浩浩蕩蕩地到來，和燕軍相持，于是燕軍士氣一落千丈。慕容寶率軍往中山退卻，魏兵跟蹤追擊，燕兵屢次戰(zhàn)敗。慕容寶害怕了，便拋下大軍，自己帶上二萬騎兵奔回中山。那時(shí)有大風(fēng)雪，凍死的將士到處都是。慕容寶怕被魏軍追上，便命令士兵全都拋棄戰(zhàn)袍兵仗，輕裝快跑進(jìn)城，結(jié)果損失了幾十萬件兵器，后燕的大臣和將士投降北魏以及被北魏俘虜?shù)牟挥?jì)其數(shù)。

先前，拓跋珪親信大臣張袞常跟他稱贊后燕秘書監(jiān)崔逞的才能，拓跋珪這時(shí)得到他，非常高興，當(dāng)即任命崔逞為尚書，讓他負(fù)責(zé)三十六曹的事務(wù)，將政事委托給他。

北魏軍士中有人從柏肆逃回，到處揚(yáng)言說大軍已經(jīng)失敗散亡，魏王也不知去向。消息抵達(dá)晉陽(yáng)時(shí)，晉陽(yáng)守將封真因而趁機(jī)起兵攻打并州刺史曲陽(yáng)侯素延。素延打敗并殺了他。

北魏南安公拓跋順守衛(wèi)云中，也聽說了這傳言，便打算自攝國(guó)事。幢將代人莫題勸道：這是件大事，明公可不能輕率，應(yīng)當(dāng)打聽清楚再作決定。不然后禍不淺。拓跋順這才作罷。拓跋順也是拓跋什翼犍的孫子。但賀蘭部大人附力眷、紇鄰部大人匿物尼、紇奚部大人叱奴根都趁機(jī)舉兵反叛。拓跋順討伐他們，但無法戰(zhàn)勝。拓跋珪派安遠(yuǎn)將軍庾岳率領(lǐng)一萬騎兵回去討伐這三個(gè)部落，平定了內(nèi)亂，國(guó)人因此得以安寧。拓跋珪想撫慰新來歸附的民眾，深深后悔兩年前參合陂的濫殺無辜，所以覺得素延在平定反叛過程中殺戮過多而將他免職，任命奚牧為并州刺史?？蓱z的奚牧因?yàn)樵诮o后秦王姚興書信里稱頓首，以同等地位稱呼他，導(dǎo)致姚興憤怒地將這事轉(zhuǎn)告拓跋珪，拓跋珪居然因此殺了奚牧。

二月十一夜里，后燕尚書郎慕輿密謀弒殺慕容寶，立趙王慕容麟為帝。但陰謀未遂，慕輿斬關(guān)出奔北魏。慕容麟因此感到提心吊膽。

北魏長(zhǎng)期包圍后燕京城中山，城中將士都盼著出戰(zhàn)。三月，高陽(yáng)王慕容隆多次向后燕主慕容寶要求出城決一死戰(zhàn)，但慕容麟每次都堅(jiān)持反對(duì)意見，致使慕容隆準(zhǔn)備出戰(zhàn)了爾后又不得不作罷，前后共有四次。

慕容寶派人向拓跋珪請(qǐng)求，要將他的人質(zhì)弟弟拓跋觚送回去，然后割讓常山以西的所有地盤給北魏以求和。拓跋珪答應(yīng)了，于是撤了中山之圍。但后來慕容寶又追悔。四月初，拓跋珪又回到盧奴（今河北定州），兩天后，再次包圍中山。后燕將士數(shù)千人全都主動(dòng)請(qǐng)求慕容寶要出城決戰(zhàn)，慕容寶終于答應(yīng)。慕容隆于是披甲上馬，率軍前往城門待命出發(fā)。慕容麟再次固執(zhí)地勸止慕容寶，大家無不忿恨，但也無計(jì)可施，慕容隆只好哭著作罷。

當(dāng)天夜里，城里發(fā)生內(nèi)亂。慕容寶于是召集慕容隆和慕容農(nóng)來，商量是否離開中山，退保老家龍城。最后還是決定離開中山。

第二天夜里，慕容寶與太子慕容策、遼西王慕容農(nóng)、高陽(yáng)王慕容隆、長(zhǎng)樂王慕容盛等一萬多人騎馬出城去投奔這時(shí)已經(jīng)從龍城來到薊城的慕容會(huì)大軍。慕容會(huì)是慕容寶的兒子。中山城中沒有了主人，百姓惶恐困惑，東門大開。拓跋珪想連夜進(jìn)城，冠軍將軍王建一心想劫掠民眾財(cái)產(chǎn)，便借口說士兵可能會(huì)盜竊府庫(kù)財(cái)物，請(qǐng)求等到天亮，拓跋珪這才沒馬上進(jìn)城。后燕開封公慕容詳沒來得及跟上慕容寶，城中軍民便立他為主，閉門堅(jiān)守。拓跋珪率領(lǐng)全部兵馬猛攻，但好幾天都攻不下來，便派人登上頂上有瞭望樓的巢車，對(duì)著城里曉諭道：慕容寶已經(jīng)丟棄你們逃走了，你們小百姓憑白自已取死，到底為誰呢？城上百姓回喊道：我們小百姓的確無知，但我們怕又變成參合陂的士兵那樣，因而只想茍延個(gè)把月的性命而已。當(dāng)年正是王建勸拓跋珪活埋了在參合陂被俘的后燕官員和將士，所以拓跋珪氣得吐口水在他臉上。拓跋珪派中領(lǐng)將軍長(zhǎng)孫肥和左將軍李栗帶領(lǐng)三千騎兵去追趕慕容寶，但一直追到范陽(yáng)都沒趕上，最后只是擊潰了后燕的新城衛(wèi)戍后回到中山。

四月，還包圍著中山的魏王拓跋珪因?yàn)檐娂Z接不上，便命令拓跋儀前往鄴城，在巨鹿駐軍，在楊城儲(chǔ)蓄糧食。保衛(wèi)中山的開封公慕容詳派出六千士兵，趁隙襲擊北魏的一些軍營(yíng)，但被拓跋珪打敗，陣亡了五千人。拓跋珪生擒了七百人，但把他們都放了。

后燕西可公庫(kù)傉官驥進(jìn)入中山，不但沒有幫助慕容詳，還和他發(fā)生內(nèi)訌，結(jié)果被慕容詳殺了。慕容詳還殺了所有庫(kù)傉官家族的人，又殺了中山尹苻謨，夷了他的家族。中山城里沒有固定的主人，百姓擔(dān)心魏兵趁機(jī)攻入，便互相結(jié)盟，人各為戰(zhàn)。五月，拓跋珪因?yàn)檐娂Z不繼，只好罷了中山之圍，到河間郡找糧食去，并督促各個(gè)郡縣征收義租。十天后，拓跋珪任命拓跋儀為驃騎大將軍、兗、豫、雍、荊、徐、揚(yáng)六州牧、左丞相，封衛(wèi)王，負(fù)責(zé)朝廷內(nèi)外軍事。慕容詳自以為打退了魏兵，威德已經(jīng)足夠，便即皇帝位，改元建始，安置百官。他任命新平公可足渾潭為車騎大將軍兼尚書令，把北魏人質(zhì)拓跋觚殺了想以此鞏固人心。

鄴城的官員這時(shí)也都勸鎮(zhèn)守那里的范陽(yáng)王慕容德自稱尊號(hào)。適逢有人從龍城過來，知道后燕皇帝慕容寶還在，慕容德也就打消了這一念頭。

秋七月，慕容詳殺了可足渾潭。慕容詳嗜酒奢侈，而且為人虛浮，不體恤軍民，刑殺無度，被他殺死的王公以下有五百多人，因此臣下無不離心離德。城中饑荒嚴(yán)重，慕容詳不許百姓出城摘野菜野谷，因此餓死的人比比皆是，于是全城百姓都商量著怎樣把趙王慕容麟接回城來。慕容詳派輔國(guó)將軍張?bào)J帶領(lǐng)五千多人在常山收租，慕容麟從丁零人那里混入張?bào)J的部隊(duì)，然后偷襲中山，捉住慕容詳并把他殺了。慕容麟接著自己稱帝，聽任百姓四出摘取野谷充饑。軍民飽了肚子，便請(qǐng)求出去和魏兵作戰(zhàn)。慕容麟不肯，想稍微恢復(fù)更多些后再說。拓跋珪駐軍在魯口，派長(zhǎng)孫肥率領(lǐng)七千騎兵襲擊中山。長(zhǎng)孫肥攻破外城，慕容麟進(jìn)軍到?jīng)}水，被魏軍打敗，不得不又回到城里。

八月初一，拓跋珪把軍隊(duì)搬遷到常山的九門。軍中發(fā)生大規(guī)模瘟疫，士兵和牲畜死了很多，將士都期盼回歸西土。拓跋珪詢問部將們瘟疫的嚴(yán)重程度，他們都答道：活著的才什之四五。拓跋珪道：這是天命，有什么辦法？四海之內(nèi)的百姓，到處都可以是自己的國(guó)家，只不過靠朕來駕御而已，所以用不著擔(dān)心沒有了臣民！大家便不敢多說了。拓跋珪又派撫軍大將軍略陽(yáng)公拓跋遵襲擊中山，再次打進(jìn)外城后撤兵回來。

九月，中山饑荒愈益嚴(yán)重，慕容麟只好率領(lǐng)二萬多人出城進(jìn)據(jù)新市。九月底甲子那天，拓跋珪進(jìn)軍攻打新市。太史令晁崇勸道：這日子不吉利。昔日紂王在甲子敗亡，所以叫做疾日，兵家忌諱這個(gè)日子。拓跋珪道：紂在甲子敗亡，那么周武王不正好在甲子興起嗎？晁崇無言以對(duì)。十月初二，慕容麟退到?jīng)}水。九天后，拓跋珪與慕容麟在義臺(tái)大戰(zhàn)，燕軍大敗，陣亡了九千多人。慕容麟帶著幾十隨從騎馬回城里帶上妻兒逃入西山，接著投奔鄴城。

十月二十，北魏攻克中山，后燕公卿、尚書、將吏、士卒投降的有二萬多人。張?bào)J和李沈等后燕將領(lǐng)起先曾經(jīng)投降北魏，后來又逃回去。拓跋珪進(jìn)城后都赦免了他們。拓跋珪還得到了燕的玉璽以及數(shù)以萬計(jì)的圖書和府庫(kù)珍寶，全用來不同程度地獎(jiǎng)賞群臣和將士。拓跋珪追謚弟弟拓跋觚為秦愍王，同時(shí)發(fā)掘慕容詳?shù)哪寡?，將他的尸體斬首；又收捕了殺害拓跋觚的高霸和程同，將他倆全夷五族，并用大刀將他倆砍剁而死。十月二十三，拓跋珪派三萬騎兵增援衛(wèi)王拓跋儀，準(zhǔn)備攻打鄴城。

十二月，慕容麟來到鄴城，恢復(fù)了趙王的封爵。他勸慕容德帶兵南渡，占據(jù)滑臺(tái)，集聚兵馬，積累谷糧，伺機(jī)而動(dòng)。那時(shí)慕容垂弟弟的兒子魯陽(yáng)王慕容和鎮(zhèn)守滑臺(tái)，也派遣使者去迎接慕容德，慕容德便答應(yīng)了。

公元398年春正月，慕容德帶領(lǐng)四萬戶人家，二萬七千車輛，從鄴城南遷到滑臺(tái)。拓跋儀于是進(jìn)入鄴城，收取了那里的倉(cāng)庫(kù)，然后派兵追趕慕容德，但直追到黃河邊也沒趕上。慕容德接著在那一帶建立了南燕政權(quán)。至此，北魏已經(jīng)占領(lǐng)了后燕原來的大部分地盤，成為函谷關(guān)以東最大的割據(jù)勢(shì)力。

正月初七（庚子），魏王拓跋珪自中山南巡來到高邑，得到王永的兒子王憲，很高興地說：這是王景略（前秦丞相王猛）的孫子?。”闳蚊麨楸局葜姓?，負(fù)責(zé)選拔功曹辦事人員，并兼掌門下。他抵達(dá)鄴城后，安置了行臺(tái)，任命龍?bào)J將軍日南公和跋為尚書，和左丞賈彝率領(lǐng)將吏五千人鎮(zhèn)守鄴城。

拓跋珪自鄴城回到中山后，便打算北歸回到云中。他發(fā)動(dòng)一萬士卒去修一條直道，從望都鑿?fù)ê銕X直到原來的代國(guó)共五百多里。拓跋珪擔(dān)心自已離開中原后，太行山以東會(huì)發(fā)生變故，便再次在中山安置行臺(tái)，命令衛(wèi)王拓跋儀鎮(zhèn)守。他還任命撫軍大將軍略陽(yáng)公拓跋遵為尚書左仆射，鎮(zhèn)守勃海的合口。右將軍尹國(guó)當(dāng)時(shí)正在冀州一帶收取谷租，得悉拓跋珪將要回去，便陰謀襲擊信都。安南將軍長(zhǎng)孫嵩捉了尹國(guó)，并殺了他。

正月二十八（辛酉），拓跋珪離開中山，同時(shí)將山東六州的官吏和民眾以及雜夷十多萬人遷徙去代地，充實(shí)那里的人口。博陵、勃海、章武的群盜趁機(jī)大起，但都被略陽(yáng)公拓跋遵等人平定了。

北魏廣川太守賀賴盧，性格豪健，恥于位居冀州刺史王輔之下，便偷襲并殺了王輔，然后驅(qū)使強(qiáng)迫守軍去劫掠陽(yáng)平和頓丘諸郡，南渡黃河，跑去投奔南燕。南燕王慕容德任命賀賴盧為并州刺史，封廣寧王。

拓跋珪回到繁畤的宮廷后，分給新遷來的民眾田地和耕牛。拓跋珪在白登山打獵時(shí)，見到母熊帶著幾只小熊，便跟冠軍將軍于栗磾說：愛卿的勇健遠(yuǎn)近馳名，能搏斗得過這些熊嗎？于栗磾說：獸賤人貴。如果我真搏斗不過這些熊，豈不白白浪費(fèi)了一個(gè)壯士嗎！便將這些熊驅(qū)趕到拓跋珪前面，然后將它們都射殺后獵取了。拓跋珪望著他向之致歉。秀容川酋長(zhǎng)爾朱羽健跟從拓跋珪攻打晉陽(yáng)和中山，立有戰(zhàn)功，因而拜散騎常侍。拓跋珪還在他居住地方的周圍，割地三百里封賞他。柔然數(shù)次入侵北魏邊境，尚書中兵郎李先請(qǐng)求出擊他們。拓跋珪答允，李先于是大破柔然后凱旋而歸。

三月，離石的胡人領(lǐng)袖呼延鐵和西河的胡人領(lǐng)袖張崇等人不愿意遷居到代地，便聚眾反叛北魏，魏安遠(yuǎn)將軍庾岳平定了他們。

拓跋珪召衛(wèi)王拓跋儀入朝輔政，改派略陽(yáng)公拓跋遵代他出鎮(zhèn)中山。四月初一（壬戌），拓跋珪任命征虜將軍穆崇為太尉，安南將軍長(zhǎng)孫嵩為司徒。