套路帝Dr.S有段時間沒和大家嘮嗑了。這段時間Dr.S癡迷于蛋白質(zhì)組學的研究無法自拔。說到組學研究,大家都會不自覺的把組學和基因組連在一起,所以組學就等于測序。 在這種大無畏精神的鼓動下人類首先把自己的基因組給測了一遍。 接著又把所有植物,動物都挨個測了個遍,在科學家們不斷的努力下,連北極熊,企鵝都沒能逃過測序儀的魔爪。 但是,十幾年過去了,等我們把物種,疾病都給測完了以后學術(shù)界出現(xiàn)了一陣恐慌:我們還能研究什么? 2007年的時候,耶魯大學的John R Yates III(葉芝三世)教授發(fā)現(xiàn)了一塊新大陸,他說蛋白質(zhì)組學將會是今后科學問題的制造引擎(hypothesis-generating engine)。 到了2014年五月,Nature上同期刊載了兩篇人類蛋白質(zhì)組的研究工作: 1. A draft map of the humanproteome 2. Mass-spectrometry-baseddraft of the human proteome 兩篇文章其實說的是一個事情,就是測序做到頭了,人類進入了后基因組時代了,大家以后就開始玩蛋白質(zhì)組吧。 中國科學家在這方面絕對是走在了世界的前頭,由賀福初院士牽頭的中國人類肝臟蛋白質(zhì)組計劃是和美國人類血漿蛋白質(zhì)組計劃并駕齊驅(qū)的兩大工程。這幾年使用蛋白質(zhì)組學技術(shù)中標的國自然數(shù)量和文章發(fā)表情況都是逐年猛增。 蛋白質(zhì)組學技術(shù)目前流行的幾種手段包括iTRAQ/TMT,SILAC,Label Free等都是屬于同一類技術(shù),叫做數(shù)據(jù)依賴性的掃描模式(data-dependent acquisition,DDA)。大致原理是通過蛋白質(zhì)樣品消化成肽段,離子化并通過質(zhì)譜進行分析。在全掃描質(zhì)譜圖中,高于噪音的肽段信號被選擇性裂解,產(chǎn)生隨機(MS/MS)質(zhì)譜,能夠與數(shù)據(jù)庫中的圖譜相匹配。盡管這種方法非常強大,但是它隨機抽取肽段進行裂解,對于我們最喜歡的轉(zhuǎn)錄因子,膜蛋白,激酶等蛋白類型的檢出效果不佳。 在此基礎(chǔ)上開發(fā)的數(shù)據(jù)非依賴性掃描模式(data-independent acquisition,DIA)技術(shù)是新一代的蛋白質(zhì)組學技術(shù)??梢砸来螌μ囟ㄙ|(zhì)量范圍內(nèi)的所有母離子進行碎裂,采集所有母離子的碎片離子信息進行蛋白定性和定量。將所有樣本中的蛋白質(zhì)信息以數(shù)據(jù)形式保存,方便后續(xù)各類分析。 DIA有更高的覆蓋率 DIA技術(shù)重復(fù)性更高,數(shù)據(jù)記錄更完整 DIA技術(shù)定量更加準確 最最重要的是DIA方法可以把放在冰箱里的珍貴樣本以數(shù)字化形式保存供我們反復(fù)挖掘,媽媽再也不怕我辛辛苦苦收集的寶貴樣本降解了。 樣本降解猛于虎也 最近發(fā)表的文章發(fā)現(xiàn)血漿樣品在室溫保存48h就至少會有4%左右的蛋白被降解。長年累月的把血樣放在保存條件很差的冰箱里的讀者們,你們的小心肝顫抖了嗎。快快把樣品轉(zhuǎn)化成SCI文章吧。 使用DIA技術(shù)的高分文獻Dr.S也為大家做一個解析: 大家覺不覺得如果這些研究再增加細胞或者動物模型完全都可以再進行深入的基因功能和機制驗證從而發(fā)表超20分的文章呢。Dr.S覺得臨床相關(guān)的科學研究萬變不離其宗,都是可以沿用下面這個公式的:組學篩選基因相關(guān)基因——高通量驗證組學篩選到的基因——功能驗證——機制研究 期待著小伙伴們能夠在后基因組時代不被拉下,勇發(fā)高分SCI。 即日起,在吉凱基因進行蛋白質(zhì)組學篩選差異基因+高通量驗證功能基因一站式服務(wù)可總體享受7折優(yōu)惠。 優(yōu)惠活動持續(xù)到9月30日。 廣告打完了 封面圖片 Capital One | Design Genome Project ? Jack Daly |
|