1.合伙企業(yè)投資收益直接穿透合伙企業(yè)分配到合伙人征稅，但相應(yīng)的費用是否也可以穿透分回給合伙人，對此，因稅法規(guī)定不合理而備受爭議。根據(jù)國稅函〔2001〕84號文件的規(guī)定，合伙企業(yè)對外投資分回的利息或者股息、紅利，不計入企業(yè)的收入，單獨作為投資者個人取得的利息、股利、紅利所得，按“利息、股利、紅利所得”應(yīng)稅項目計算繳納個人所得稅。而財稅〔2008〕第159號規(guī)定：“合伙企業(yè)以每一個合伙人為納稅義務(wù)人。合伙企業(yè)合伙人是自然人的，繳納個人所得稅；合伙人是法人和其他組織的，繳納企業(yè)所得稅?！币虼耍趯嵺`中具體適用上述規(guī)定時，一般認為法人合伙人和其他組織合伙人，就合伙企業(yè)對外投資分回的利息或者股息、紅利，直接穿透到合伙人對應(yīng)的年度計算應(yīng)納稅所得，予以征收企業(yè)所得稅。

合伙企業(yè)的投資收益適用穿透原則，但對于合伙企業(yè)尤其是以投資為主業(yè)的有限合伙私募基金，在企業(yè)對外投資時發(fā)生的各種費用（包括管理費、托管費、基金服務(wù)費、銷售服務(wù)費、基金的證券交易費用及賬戶開戶費用、基金備案后與之相關(guān)的會計師費和律師費、基金的銀行匯劃費用、合同文件制作、印刷費用、按照國家有關(guān)規(guī)定和本合同約定，可以在基金資產(chǎn)中列支的其他費用），是否可以同步按比例穿透分回給合伙人，我國稅法的規(guī)定卻存在不合理性。在實務(wù)處理中，稅務(wù)機關(guān)認為我國稅法沒有相應(yīng)規(guī)定這種費用可以同步分回給合伙人，因此，合伙企業(yè)支出的投資費用不得隨同投資收益分回合伙人。而按照合伙協(xié)議的約定，實際上，上述費用必須由合伙人完稅后的收益來負擔(dān)。我們認為，這樣的稅務(wù)處理存在不合理性。第一，這不符合收入與成本、費用配比的處理原則。不論在會計上還是稅務(wù)處理上，收入與成本、費用配比是一項基本原則。以投資為主業(yè)的合伙企業(yè)在某一階段只有利息、股利、紅利所得時，不同于一個自然人存款利息所得。自然人存款利息所得幾乎可以不考慮其費用，也沒有流轉(zhuǎn)稅及其附加稅費。但以投資為主業(yè)的合伙企業(yè)取得利息、股利、紅利所得時必然會發(fā)生經(jīng)營的費用。如果經(jīng)營金融產(chǎn)品還會發(fā)生流轉(zhuǎn)稅及其附加稅費。這些都是與合伙企業(yè)取得利息、股利、紅利所得應(yīng)當(dāng)按比例分攤的費用。而合伙企業(yè)的投資收益適用穿透原則，而不分攤應(yīng)當(dāng)分攤的費用，則不符合收入與成本配比的處理原則。第二，這也不符合所得稅計稅的原則。不論是企業(yè)所得稅還是個人所得稅，一般都是以凈收入作為計稅的基礎(chǔ)。企業(yè)所得稅是以利潤（應(yīng)納稅所得額）作為計稅的依據(jù)。對于個人所得稅而言，如果存在成本、費用或者扣除項目時，個人所得稅的計稅基礎(chǔ)也會考慮這些因素。這是量能課稅原則的體現(xiàn)。在國外也有國家，最為典型的是美國，虧損能從合伙企業(yè)上傳至合伙人。[2]國外許多合理的合伙企業(yè)法律制度我們應(yīng)當(dāng)借鑒。因此，如果合伙企業(yè)的投資收益適用穿透原則而對應(yīng)的費用不分回給合伙人，則存在明顯的不合理性。

2.合伙企業(yè)對外投資收益適用穿透原則時，對于法人合伙人而言，是否可以視為在國內(nèi)的直接投資收益而享受免稅的優(yōu)惠，也因稅法沒有明確規(guī)定而存在爭議。根據(jù)我國《企業(yè)所得稅法》第二十六條第（二）項規(guī)定，符合條件的居民企業(yè)之間的股息、紅利等權(quán)益性投資收益為免稅收入。我國《企業(yè)所得稅法實施條例》第八十三條規(guī)定，所謂符合條件的居民企業(yè)之間的股息、紅利等權(quán)益性投資收益，是指居民企業(yè)直接投資于其他居民企業(yè)取得的投資收益。但不包括連續(xù)持有居民企業(yè)公開發(fā)行并上市流通的股票不足12個月取得的投資收益。而合伙企業(yè)對外投資分回的利息或者股息、紅利適用穿透原則時，對于法人合伙人是否可以視為在國內(nèi)的直接投資收益而享受免稅的優(yōu)惠，關(guān)鍵在于理解居民企業(yè)直接投資于其他居民企業(yè)取得的投資收益享受免稅優(yōu)惠的立法原理以及如何界定“直接投資”。

對于居民企業(yè)直接投資于其他居民企業(yè)取得的投資收益之所以能夠享受免稅優(yōu)惠，其立法目的主要有兩點，一是避免重復(fù)征稅，分回的股息、紅利所得屬于已繳納企業(yè)所得稅的稅后收益。二是鼓勵居民企業(yè)在國內(nèi)進行投資。引導(dǎo)企業(yè)在取得利潤時不要僅僅用于消費，而是可以考慮進行投資，發(fā)展國民經(jīng)濟，引導(dǎo)居民企業(yè)在國內(nèi)投資，解決有的國內(nèi)企業(yè)資金困難的問題，從而有利于促進發(fā)展國民經(jīng)濟。而如何界定“直接投資”，這是對居民企業(yè)在國內(nèi)投資取得收益享受免稅優(yōu)惠范圍的界定。即直接投資可以享受免稅優(yōu)惠，而間接投資則不可以享受稅收優(yōu)惠。這是在鼓勵投資與財政收入的需要之間采取的一種平衡。即國家雖然鼓勵投資，但因財政收入的需要，必須界定一定的范圍。即只有直接投資可以享受免稅優(yōu)惠。A企業(yè)在國內(nèi)投資居民企業(yè)B企業(yè)收益可以享受免稅優(yōu)惠。如果A企業(yè)在國內(nèi)投資居民企業(yè)B，B企業(yè)再在國內(nèi)投資居民C企業(yè)，B企業(yè)從C企業(yè)取得的投資收益再分回給A企業(yè)時，A企業(yè)則不能享受免稅優(yōu)惠。而且對于個人投資居民企業(yè)取得收益則沒有規(guī)定是否可以享受免稅優(yōu)惠。我們的解釋企業(yè)所得稅法只能對企業(yè)所得稅進行規(guī)范，而無權(quán)對個人所得稅進行規(guī)定。但個人所得稅法的制度設(shè)計沒有顧及這一問題。個人從企業(yè)分回的股息、紅利所得再征收個人所得稅而造成重復(fù)征稅的問題，我們并沒有制度設(shè)計解決這一問題。

因此，如果合伙企業(yè)對外投資分回的利息或者股息、紅利歸結(jié)為合伙企業(yè)的收入進行核算，再將利潤分回給法人合伙人，無疑不能享受免稅優(yōu)惠。但是，當(dāng)合伙企業(yè)對外投資收益直接穿透合伙企業(yè)分回給合伙人時，按照收入（股息、紅利）與成本（投資成本）配比原則，相對應(yīng)的，合伙企業(yè)的投資也可以直接穿透合伙企業(yè)視為合伙人直接對外投資。而且，合伙企業(yè)本身不是我國企業(yè)所得稅法中規(guī)定的居民企業(yè)，合伙人通過合伙企業(yè)投資不能視為一種間接投資。因此，作為法人合伙人直接對外投資分回的利息或者股息、紅利則符合我國《企業(yè)所得稅法》第二十六條第（二）項的規(guī)定，應(yīng)當(dāng)享受免稅優(yōu)惠。這也完全符合我國企業(yè)所得稅法關(guān)于此項稅收優(yōu)惠的立法目的，也符合“直接投資”范圍。而有的地方政府也對此作出了自己的理解，規(guī)定可以享受免稅優(yōu)惠。[3]同時，我們還認為，當(dāng)法律規(guī)定不明晰，而又沒有作出明確禁止性規(guī)定時，根據(jù)法律適用的一般規(guī)則，對于公民而言，法不禁止即自由。那么，對于納稅人而言，當(dāng)法律規(guī)定不明晰，而又沒有作出明確禁止性規(guī)定時，應(yīng)當(dāng)允許納稅人進行這樣的稅務(wù)處理。

3.合伙企業(yè)投資收益直接穿透到自然人合伙人征稅時，扣繳義務(wù)人是誰，也因稅法規(guī)定不明而存在爭議。根據(jù)我國《個人所得稅法》第八條規(guī)定，個人所得稅，以所得人為納稅義務(wù)人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務(wù)人。根據(jù)這一規(guī)定，以合伙企業(yè)名義對外投資，如果投資收益歸集到合伙企業(yè)，經(jīng)合伙企業(yè)核算后再分給自然人合伙人時，支付所得的單位就是合伙企業(yè)，此時，合伙企業(yè)為當(dāng)然的法定扣繳義務(wù)人。但當(dāng)合伙企業(yè)投資收益穿透合伙企業(yè)而直接分配到自然人合伙人征稅時，就相當(dāng)于繞過的合伙企業(yè)，支付所得的單位就是被投資方。但實際操作時，在正常情況下，被投資方在對合伙企業(yè)分配投資收益時，是分配給合伙企業(yè)的，因合伙企業(yè)是投資人。此時，誰為法定扣繳義務(wù)人，當(dāng)稅法沒有明確規(guī)定時就必然引發(fā)爭議。而有稅務(wù)機關(guān)卻規(guī)定被投資企業(yè)為扣繳義務(wù)人。[4] 對此，我們認為，將合伙企業(yè)規(guī)定為扣繳義務(wù)人更為合理。第一，依據(jù)投資收益分配的原理，被投資方在對合伙企業(yè)分配投資收益時是分配給合伙企業(yè)；第二，從操作便利的角度，因合伙企業(yè)能夠完全掌握自然人合伙人的人數(shù)、合伙人的姓名、身份證照類型及號碼、職務(wù)、戶籍所在地等基礎(chǔ)信息以及合伙人的分紅比例，由合伙企業(yè)將投資收益直接分配給自然人合伙人也容易操作。但關(guān)鍵的是要有較高級次的法律文件對此做出明確的規(guī)定。

轉(zhuǎn)讓股權(quán)收益的所得稅處理涉及的爭議問題主要是合伙企業(yè)轉(zhuǎn)讓股權(quán)所得是作為轉(zhuǎn)讓財產(chǎn)所得還是作為合伙企業(yè)經(jīng)營所得。如果作為轉(zhuǎn)讓財產(chǎn)所得，其所得是否也可以直接穿透合伙企業(yè)連同相應(yīng)成本、稅費、虧損分給合伙人。對此問題，目前主要政策依據(jù)是《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)<關(guān)于個人獨資企業(yè)和合伙企業(yè)投資者征收個人所得稅的規(guī)定>的通知》（財稅〔2000〕91號）、《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于合伙企業(yè)合伙人所得稅問題的通知》（財稅〔2008〕第159號）、《國家稅務(wù)總局關(guān)于切實加強高收入者個人所得稅征管的通知》（國稅發(fā)〔2011〕50號）。其主要相關(guān)規(guī)定包括：合伙企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營所得和其他所得采取“先分后稅”的原則；合伙企業(yè)轉(zhuǎn)讓財產(chǎn)所得（包括股權(quán)（票）轉(zhuǎn)讓所得）歸屬于生產(chǎn)經(jīng)營所得；作為投資者個人的生產(chǎn)經(jīng)營所得，比照個人所得稅法的“個體工商戶的生產(chǎn)經(jīng)營所得”應(yīng)稅項目，適用5%～35%的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。因上述規(guī)定的不合理性以及具體適用的不統(tǒng)一性，導(dǎo)致引發(fā)較大爭議。一些地方政策規(guī)定，合伙制股權(quán)基金中個人合伙人取得的收益，對不執(zhí)行合伙事務(wù)的個人合伙人，按“財產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得”以20%稅率征收個人所得稅，對執(zhí)行合伙事務(wù)的個人合伙人，則比照“個體工商戶的生產(chǎn)經(jīng)營所得”，以5%至35%的累進稅率征收個人所得稅。[5]也有部分地方對股權(quán)投資類合伙企業(yè)自然人合伙人統(tǒng)一按20%的稅率征收個人所得稅。[6] 而對基金類合伙企業(yè)而言，個人合伙人從合伙企業(yè)取得的收益，主要就是轉(zhuǎn)讓股權(quán)所得。因此，上述地方政府對股權(quán)投資類合伙企業(yè)轉(zhuǎn)讓股權(quán)收益，實質(zhì)上是變相允許合伙企業(yè)轉(zhuǎn)讓股權(quán)所得按照“財產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得”進行稅務(wù)處理。而有的稅務(wù)機關(guān)又嚴格執(zhí)行財政部和稅務(wù)總局的文件，導(dǎo)致全國執(zhí)法口徑的差異。最近，上層稅務(wù)機關(guān)擬對某些執(zhí)行合伙企業(yè)所得稅政策有偏差的地區(qū)進行“糾偏”，引起很大反響。

我們認為，之所以有的地方政府不執(zhí)行財政部、稅務(wù)總局的文件，除了有其產(chǎn)業(yè)發(fā)展的考量之外，還有就是財政部、稅務(wù)總局的文件本身存在不合理之處。主要體現(xiàn)為與《個人所得稅法》的相關(guān)規(guī)定不協(xié)調(diào)。該法第三條第五項規(guī)定，特許權(quán)使用費所得，利息、股息、紅利所得，財產(chǎn)租賃所得，財產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得，偶然所得和其他所得，適用比例稅率，稅率為百分之二十。而對于以投資為主業(yè)甚至是唯一業(yè)務(wù)合伙企業(yè)轉(zhuǎn)讓股權(quán)所得，自然人合伙人分得的收益卻比照“個體工商戶的生產(chǎn)經(jīng)營所得”，以5%至35%的累進稅率征收個人所得稅，二者的規(guī)定明顯不協(xié)調(diào)。進而對自然人合伙人而言極為不公平。