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前 言 18年年末，10X Genomics正式推出了單細(xì)胞ATAC-seq產(chǎn)品及實(shí)施方案，這是目前第一個(gè)成熟的單細(xì)胞表觀基因組特征的商業(yè)化解決方案，為探索細(xì)胞發(fā)育的機(jī)理機(jī)制、深入了解疾病的診斷和治療提供便利。 01 ATAC-seq技術(shù) ATAC-seq(染色質(zhì)開(kāi)放性測(cè)序技術(shù), Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)是通過(guò)轉(zhuǎn)座酶研究染色質(zhì)開(kāi)放性的高通量測(cè)序技術(shù)。眾所周知，染色體絕大部分區(qū)域是緊密折疊的，僅有一小部分比較松散，而這部分松散（開(kāi)放、易接近）區(qū)域往往是轉(zhuǎn)錄發(fā)生調(diào)控區(qū)域。ATAC-seq技術(shù)利用轉(zhuǎn)座酶將接頭序列插入在基因組的開(kāi)放區(qū)域，然后通過(guò)高通量測(cè)序便可以獲得轉(zhuǎn)錄因子等轉(zhuǎn)錄調(diào)控的關(guān)鍵信息。 02 單細(xì)胞ATAC-seq 單細(xì)胞ATAC-seq，顧名思義就是從單細(xì)胞水平上研究染色質(zhì)開(kāi)放性，已經(jīng)被廣泛應(yīng)用于多個(gè)研究領(lǐng)域，例如：
03 單細(xì)胞ATAC-seq發(fā)表情況 根據(jù)Web of Science搜索“single cell ATAC”關(guān)鍵詞獲得的引文分析結(jié)果，從出版年統(tǒng)計(jì)可以看出18年單細(xì)胞ATAC-seq文章發(fā)表數(shù)目驟增。 從出版期刊統(tǒng)計(jì)(Top25)可以看出目前單細(xì)胞ATAC-seq主要發(fā)表在Nature、Cell等頂級(jí)期刊上。 04 10X單細(xì)胞ATAC-seq技術(shù)路線(xiàn) 首先利用轉(zhuǎn)座酶孵育細(xì)胞核，形成片段化DNA； 其次利用“雙十字”微流體系統(tǒng)形成單細(xì)胞核的GEM(Gel bead in EMulsion)，此時(shí)每一個(gè)GEM中10X Barcodes序列是相同且特異的(Barcodes被密集連接在Gel bead上，通過(guò)Barcodes序列可以區(qū)分不同細(xì)胞核)； 然后凝膠珠溶解，細(xì)胞核破裂，片段化DNA同10X Barcodes序列連接； 最后油層破裂，DNA片段釋放出來(lái)，后續(xù)進(jìn)行Illumina文庫(kù)構(gòu)建和測(cè)序，獲得每一個(gè)細(xì)胞的染色體開(kāi)放區(qū)域序列信息。 05 10X單細(xì)胞ATAC-seq技術(shù)優(yōu)勢(shì) 作為單細(xì)胞測(cè)序的一個(gè)重要里程碑，10X Genomics ChromiumTM實(shí)現(xiàn)了真正意義上的單個(gè)細(xì)胞測(cè)序。10X Genomics單細(xì)胞ATAC-seq技術(shù)和相關(guān)知識(shí)產(chǎn)權(quán)來(lái)自于收購(gòu)Epinomics公司，而Epinomics公司是由ATAC-seq技術(shù)的主要?jiǎng)?chuàng)建者斯坦福大學(xué)醫(yī)學(xué)院的教授Howard Chang等人創(chuàng)立的。10X Genomics單細(xì)胞ATAC-seq技術(shù)具有許多其他平臺(tái)無(wú)法比擬的優(yōu)勢(shì)，例如：
結(jié) 語(yǔ) 歐易生物是國(guó)內(nèi)較早引進(jìn)10X Genomics平臺(tái)的機(jī)構(gòu)之一，打造了專(zhuān)業(yè)的單細(xì)胞分析團(tuán)隊(duì)，積累了豐富的單細(xì)胞項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，同時(shí)也成功舉辦過(guò)多期廣受好評(píng)的單細(xì)胞測(cè)序培訓(xùn)班。歐易生物期望助力各位科研工作者，期待與您合作。 參考資料 https://en./wiki/ATAC-seq https://www./solutions/single-cell-atac/ |
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來(lái)自： stingray928 > 《待分類(lèi)1》
