安裝軟件結(jié)束后，會出現(xiàn)三個done
但是也只能說明軟件安裝正常結(jié)束，但是不能說明軟件能正常使用。
尤其有些需要調(diào)py的一些包的時候，會出錯，或者python版本不兼容，在使用軟件的時候，軟件即會出現(xiàn)異常報錯。
因此，這篇博文是為了你用conda安裝常見軟件后，如何確定軟件安裝正?？杀皇褂茫?/p>
安裝列表
bwa
gatk4
sra-tools
fastqc
trim-galore
star
hisat2
bowtie2
subread
htseq
multiqc
samtools
安裝方法
參考上面conda安裝，這里直接push代碼，就當(dāng)回顧一下~
# 配置過鏡像后，家目錄下有一個.condarc文件，內(nèi)容如下
$ cat ~/.condarc
channels:
- https://mirrors.tuna./anaconda/cloud/bioconda
- https://mirrors.tuna./anaconda/cloud/conda-forge
- https://mirrors.tuna./anaconda/pkgs/free
- defaults
show_channel_urls: true
$ conda create -n rna python=2 -y
$ source activate rna
$ conda install -y sra-tools
# 默認裝軟件最新版
安裝每一個軟件和調(diào)取幫助文檔
安裝成功出現(xiàn)三個done + 成功調(diào)取這個軟件的幫助文檔=軟件安裝成功
問題是我怎么知道出來的幫助文檔是對的，而不是報錯？？！??！
一般情況下，幫助文檔的格式都是很統(tǒng)一的，左面是參數(shù)，右面是參數(shù)的英文解釋，而且格式看著很整齊！一般為兩列！
如果報錯了，出來的內(nèi)容不同于上面的信息，很亂，還會出現(xiàn)ERROR、NOT、exception等，但重點是你運行該軟件的代碼的時候，軟件不能運行成功?。。?！
每一款軟件調(diào)用幫助文檔的方式不同，這又給初學(xué)者帶去了困擾，具體查看下面代碼，希望能幫到你~
# 第一步別忘了激活環(huán)境
$ source activate rna
# 安裝sra-tools
# 從ncbi下載sra，轉(zhuǎn)化sra文件為fq
# conda安裝sra-tools
$ conda install -y sra-tools
# 調(diào)取該軟件的命令的幫助文檔，下面兩句是重點
$ prefetch --help
$ fastq-dump --help
$ which prefetch
# 運行結(jié)果示例如下
# /home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/prefetch
# 可以看到這個命令確實你剛裝的，而且存在于rna的小環(huán)境內(nèi)bin的目錄下
# 也可以不運行which這個命令~，但是當(dāng)你軟件報錯的時候，你就要知道這個命令到底是裝在哪里的~，就可以which一下！
# 后面格式同上
$ conda install -y bwa
bwa
$ conda install -y gatk4
gatk
$ gatk Tool --help
$ conda install -y fastqc
fastqc --help
$ conda install -y trim-galore cutadapt
trim_galore --help
$ conda install -y star
STAR --help
$ conda install -y hisat2
hisat2 -h
# 等同于hisat2 --help
$ conda install -y bowtie2
bowtie2 --help
$ conda install -y subread
featureCounts
$ conda install -y htseq
htseq-count --help
$ conda install -y multiqc
multiqc --help
$ conda install -y samtools
samtools
which samtools
# /home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/samtools
寫在最后的小技巧
1 如果我不知道我是不是安裝過該軟件，怎么辦？
樹曰：
那就在運行一次安裝唄，沒關(guān)系，比如conda install -y htseq，結(jié)果如下，會出現(xiàn)“# All requested packages already installed.”。說明你已經(jīng)安裝過了，而且版本識最新版本了，conda就不會給你裝了。
也有一種情況，如果軟件被更新了，conda會繼續(xù)給你裝一個最新版本，如果你介意兩個版本的軟件分析的結(jié)果，請不要更新~，那就意味著你不能運行conda install的安裝代碼了，那怎么辦？
那么就得直接回答上面的問題，查看這個軟件的幫助文檔，如果存在，which后，證明環(huán)境里確實已經(jīng)安裝，那么版本號怎么找，一般會在--help內(nèi)看到該命令/軟件的版本號，特殊的找不到的話，需要搜索咯
如果你還想問，我想知道鏡像里這個軟件有沒有更新，我都知道兩種方法，比如conda search 軟件名查看最新軟件版本，比較一下~
提示你更新conda，你可以不更新
$ conda install -y htseq
Solving environment: done
==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
current version: 4.5.11
latest version: 4.6.11
Please update conda by running
$ conda update -n base -c defaults conda
# All requested packages already installed.
2 安裝過一款軟件，我特別想知道他都載入了環(huán)境什么命令，能不能從服務(wù)器上查詢到，這樣的話我就不用記住安裝過哪個軟件，需要調(diào)取哪個命令的幫助文檔啦？？？
樹曰：
這個方法是有的，如果你上來就先看的這個問題，前面那么多的調(diào)取幫助文檔的方法你都不用看了，甚至于這篇博文也不用看了，好尷尬，白寫了，哈哈哈哈哈哈
前提，前提是你能找到下面圖內(nèi)的路徑
# 這個路徑肯定是自己的路徑，需要替換
$ cd /home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin
$ ls -trlh
# 每次安裝一個軟件，最新時間戳生成的命令就是那個軟件加載到環(huán)境內(nèi)的命令！
備注：有沒有一種情況，你已經(jīng)裝過了，時間戳也沒了，怎么辦，那你卸載了，重新裝一遍唄！哈哈哈
