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Nature:AD研究繼續(xù)深入!研究觀察單個阿爾茨海默病神經(jīng)元的體細胞基因組變化

 brainnews 2022-05-05 發(fā)布于陜西

阿爾茨海默病(AD)是一種常見的、進行性的、致命的年齡相關(guān)性神經(jīng)退行性疾病,其特征是神經(jīng)元丟失和錯誤折疊蛋白的沉積。淀粉樣蛋白-β寡聚物的形成可能啟動疾病發(fā)病機制,觸發(fā)包括tau神經(jīng)原纖維纏結(jié)和氧化應(yīng)激的發(fā)展在內(nèi)的級聯(lián)事件。盡管有大量關(guān)于錯誤折疊蛋白形成的機制研究,但AD細胞功能障礙的機制還不清楚。

近日,美國馬薩諸塞州波士頓兒童醫(yī)院曼頓孤兒病中心遺傳學和基因組學部Christopher A. Walsh教授在國際著名期刊Nature發(fā)表題為somatic genomic changes in single alzheimer’s disease neurons的研究文章,文章為了驗證基因組損傷的特定機制影響AD神經(jīng)元的假設(shè),研究人員對AD患者和正常對照組的單個神經(jīng)元進行了單細胞全基因組測序(scWGS),以比較與AD相關(guān)的體細胞突變的數(shù)量、基因組位置和種類。 

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衰老過程中神經(jīng)元的體細胞突變

研究人員對從AD患者和神經(jīng)正常對照個體的大腦中分離出的錐體神經(jīng)元進行了scWGS。分析了8例AD患者的91個神經(jīng)元和18個正常對照組的159個神經(jīng)元。在正常個體,神經(jīng)元sSNVs隨著年齡的增加的速度為每年16-21個sSNVs。使用來自其他人體組織的克隆擴增細胞進行的研究顯示,sSNVs每年的增幅從13 -55 sSNVs不等,說明更快分裂的細胞類型的比率更高。


AD的體細胞突變

研究人員評估了8個AD個體大腦神經(jīng)元中的sSNVs負擔,發(fā)現(xiàn)AD神經(jīng)元在年齡基礎(chǔ)上顯示出比預期更多的sSNVs。這種變化在神經(jīng)元之間是可變的,反映了特定大腦區(qū)域神經(jīng)元中AD病理的可變存在。在MDA實驗中,AD神經(jīng)元與年齡匹配的神經(jīng)典型對照組神經(jīng)元直接相比,也顯示出sSNVs顯著增加。

在PFC中,觀察到8例AD個體中有7例的sSNVs相對于正常老化顯著增加。AD中sSNV計數(shù)最高的幾個基因組來自于海馬體,其中8個病例中的5個也顯示了與正常老化相比sSNV的顯著增加。這些結(jié)果表明,AD中的神經(jīng)元包含了數(shù)百個額外的sSNVs,超出了其年齡的預期,這表明疾病過程產(chǎn)生的基因組損傷水平相當于超過十年的正常sSNVs積累。


AD神經(jīng)元的突變特征分析

研究人員進行了突變特征分析,以確定是否有特定的過程導致AD神經(jīng)元的體細胞改變。研究人員把分析重點放在神經(jīng)元特征A和C,因為特征B包含克隆發(fā)育突變。在所有樣本中,突變隨年齡的增長而增加。特征A也顯示了相對于年齡匹配的對照組,AD的邊際增加,這在MDA實驗中沒有達到統(tǒng)計學意義,但表明這些突變機制可能在疾病背景下被加強。

另一方面,與對照組相比,AD神經(jīng)元的特征C顯著增加,這占了觀察到的大部分過度變化。與特征A相比,特征C在神經(jīng)元之間顯示了更多的變化,這表明特征C可能是由不規(guī)則的“災(zāi)難性”事件導致的,與特征A所代表的均勻衰老形成對比。


AD神經(jīng)元的氧化損傷

DNA氧化,之前在AD個體大腦中觀察到的,可能與AD中多余的sSNVs有關(guān),研究人員直接檢測了單個神經(jīng)元的核苷酸氧化損傷。由于氧化應(yīng)激導致的最常見的氧化核苷酸損傷是8-氧鳥嘌呤(8-oxoG),因此它被用作細胞氧化狀態(tài)和DNA損傷的生物標志物。8-oxoG抗體免疫熒光顯微鏡顯示AD神經(jīng)元中8-oxoG水平顯著高于正常對照組,表明氧化核苷酸損傷水平的增加導致AD神經(jīng)元中特征A的變化和特征C的增加。


轉(zhuǎn)錄對體細胞SNVs的影響

對神經(jīng)元功能和存活至關(guān)重要的基因突變可能直接影響細胞的適應(yīng)性。盡管在人類神經(jīng)元中轉(zhuǎn)錄基因的優(yōu)先修復,但基因組轉(zhuǎn)錄區(qū)域的sSNVs負擔與大腦中的基因表達水平相關(guān)。

當這一觀察結(jié)果以特征分離時,隨著表達的增加,研究人員觀察到特征A突變增加,特征C突變減少。對于特征A,轉(zhuǎn)錄過程中的事件似乎在產(chǎn)生突變中起作用,而特征C與表達負相關(guān),因此可能在轉(zhuǎn)錄過程中更有效地修復。


總 結(jié)

綜上所述,AD患者大腦中的興奮神經(jīng)元積累了基因組損傷--可能是永久性的突變--超過了衰老本身造成的水平。AD神經(jīng)元中基因組SNV積累的模式似乎不同于正常衰老。這些基因組變化可能包括一系列表現(xiàn),包括單鏈DNA損傷和雙鏈突變。

未來專門設(shè)計的比較DNA損傷和永久性突變的研究可能會進一步揭示這些相關(guān)現(xiàn)象對AD的不同影響。隨著技術(shù)的進步,其他類型的體細胞變異--如短插入和缺失、結(jié)構(gòu)變異和逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)位事件--也可以進行更深入的探索。


參考文獻

Miller, M.B., Huang, A.Y., Kim, J.et al.  Somatic genomic changes in single Alzheimer’s disease neurons. Nature (2022). https:///10.1038/s41586-022-04640-1

編譯作者:Dr.Hu(brainnews創(chuàng)作團隊)

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