晉察冀軍區(qū)的整編工作在1939年主要是結(jié)合整訓(xùn)進(jìn)行。目的是通過(guò)整編，將游擊部隊(duì)編組為機(jī)動(dòng)性較大、集中性較強(qiáng)的基干兵團(tuán)。方法是以2個(gè)大隊(duì)或1個(gè)較強(qiáng)的大隊(duì)擴(kuò)編為1個(gè)團(tuán)。當(dāng)年共整編31個(gè)主力團(tuán)，另有一些地方武裝。

每團(tuán)一般由3個(gè)營(yíng)9個(gè)連組成，少數(shù)團(tuán)每營(yíng)編4個(gè)連，即3個(gè)步兵連和1個(gè)機(jī)槍連。團(tuán)直屬隊(duì)編有機(jī)炮連、特務(wù)連（警衛(wèi)連）、通信偵察連。每團(tuán)兵力約2000-2500人。新編成的部隊(duì)，除直屬團(tuán)隊(duì)外，均分屬各軍分區(qū)。每個(gè)軍分區(qū)一般轄2-3個(gè)主力團(tuán)。

至1940年底，晉察冀軍區(qū)的編制序列為：司令員兼政治委員聶榮臻，參謀長(zhǎng)唐延杰，政治部主任舒同。具體編制如下圖。

晉察冀軍區(qū)直轄騎兵第一團(tuán)、教導(dǎo)團(tuán)。

此時(shí)，全軍區(qū)部隊(duì)已發(fā)展到約11萬(wàn)人。