1我這個(gè)地方卡住了 第13行代碼運(yùn)行錯(cuò)誤，【答疑文檔】里沒找到，請(qǐng)問怎么解決一下

你的第十三行代碼多了一個(gè)空格，可能是你不小心碰到了。把這里刪掉，重新運(yùn)行。

2我的運(yùn)行出來這樣的，跟課程里不一樣

你讀一下最后一句話，他在問問題，你回答一下才能繼續(xù)。

3這是第13行和第36行的運(yùn)行結(jié)果，提示 error 不知哪里出錯(cuò)了

第一個(gè)運(yùn)行結(jié)果，提示你已經(jīng)安裝過了，不需要額外操作。

第二個(gè)運(yùn)行結(jié)果，為報(bào)錯(cuò)，需要注意，缺什么就安裝缺的包。此處運(yùn)行BiocManager::install('GO.db')。

4哪位老師幫忙看下，安裝的對(duì)不對(duì)

你還沒安裝呢，看群公告哦，慢慢來不著急。

5run下來，這幾個(gè)有問題

你截圖的是library報(bào)錯(cuò)，所以大家只能看到你library失敗。你應(yīng)該是截圖第一行代碼的，install的截圖，看看為什么install會(huì)失敗哈

6請(qǐng)問最開始裝bioc mirror鏡像是因?yàn)閲?guó)內(nèi)不能訪問bioc嗎？如果可以訪問還需要運(yùn)行這一部分嗎

是訪問起來比較慢，如果你在海外就不需要設(shè)置鏡像啦。

7請(qǐng)問這個(gè)warning 是報(bào)錯(cuò)嗎

這是你的網(wǎng)絡(luò)訪問清華鏡像有點(diǎn)問題，你試試換個(gè)網(wǎng)絡(luò)環(huán)境。

8我重新從頭跑一遍的話，會(huì)不會(huì)有多次重復(fù)下載占用大量?jī)?nèi)存的問題？

不會(huì)。

9電腦之前下過rstudio4.3.0版本，要?jiǎng)h了下4.3.1么？

不用~

10軟件都安裝好了，自己試著操作了一下，退出時(shí)候提示save不知道該不該save

是否save不重要的。

11我看到第三個(gè)準(zhǔn)備工作是配置電腦，打開視頻發(fā)現(xiàn)是mac的教程，我用的是windows想問下windows是不需要被配置嗎？還是說windows的配置視頻在別的地方

電腦瀏覽器打開鏈接，右邊可以選擇Windows的教程，P2

12想問下在rna-seq中，trim的時(shí)候參數(shù)設(shè)置的不一樣，會(huì)導(dǎo)致最后用featureCounts跑出來的successfully aligned aligments也不一樣嗎？

并不會(huì)，肯定是有其它原因。

13電腦需要獨(dú)立顯卡嘛？會(huì)影響嗎？

不需要，沒有影響。

14我的R是4.3.0版本，這個(gè)安裝包是要求4.3.1，我怎么升級(jí)我的R版本到4.3.1，不影響之前包的使用啊 ？

這不是報(bào)錯(cuò) 不用管~

15Rstudio服務(wù)器版能給非root權(quán)限用戶使用嗎？

可以。

16想買個(gè)新電腦，上這個(gè)課買mac還是win好？

都可以。沒有影響的。

17我一直run，也沒有出現(xiàn)任何跳出來的東西，結(jié)果只有30個(gè)項(xiàng)目

沒有問題的，不用擔(dān)心。

18這個(gè)是什么意思呀

就跟你每次退出你的word編輯器一樣的，他都會(huì)問你是否需要保存，一般來說不需要保存。

19請(qǐng)問控制臺(tái)顯示這樣的內(nèi)容，僅有代碼重復(fù)顯示，沒有顯示其他內(nèi)容，能代表R包正常安裝嗎

能，非常完美的完成了最難的一步準(zhǔn)備工作。

20第一個(gè)是不是有問題，現(xiàn)在Mac不是得用 arm 的

千萬(wàn)不要使用arm，不要相信官方，要相信我們。

21這個(gè)提示是沒有下載成功嗎

是的，你需要先安裝Rtools。

22麻煩問下igv下哪一個(gè)呀

左邊的。

23有的時(shí)候我打那個(gè)百分號(hào)，會(huì)提示我unexpected，難道是百分號(hào)也分中文和英文嗎？

是的，分的。肉眼可見兩者是不同的呀

24這樣寫默認(rèn)統(tǒng)計(jì)的是TRUE嗎？這里能不能加個(gè)什么條件讓這條命令統(tǒng)計(jì)FALSE?

沒錯(cuò)，你可以理解成，T是1，F(xiàn)是0，所有的1加起來的長(zhǎng)度。第二個(gè)問題可以用“!”取反集。

25小潔老師使用的截圖軟件是這個(gè)么

對(duì)。

26“=”和“<-”可以理解為是具有同樣的賦值功能么

是的，這兩個(gè)是等價(jià)的。

27我想問一下這個(gè)位置就是顯示的已經(jīng)安裝過的R包嗎？

對(duì)的。

28這個(gè)會(huì)有關(guān)系嘛

沒關(guān)系，保留安裝它。

29這個(gè)實(shí)在也不懂，這是隨便點(diǎn)一個(gè)嘛，為什么我出現(xiàn)這種安裝教程沒有的東西呀

這個(gè)你直譯就好啦，問你需不需要遷移數(shù)據(jù)，直接 skip 就好。

30這種怎么解決呀

這種不用解決呀，這不是報(bào)錯(cuò)。

31更換了網(wǎng)絡(luò)，出現(xiàn)了“Session was closed”提示，是要重啟一下嗎

假裝無(wú)事發(fā)生過，重新登錄即可。

32這個(gè)包一直提示沒有，但已經(jīng)下載過了；按照之前的方式先library（patchwork）仍然提示沒有

問題根本原因是有兩個(gè)同名的 patchwork，你安裝錯(cuò)了，請(qǐng)查看這個(gè)鏈接https:///questions/72602021/object-patchworkgrob-is-not-exported-by-namespacepatchwork-on-r-4-2-0。

33這是報(bào)錯(cuò)的內(nèi)容，如何解決？

重啟Rstudio 就好。

34這個(gè)新建的矩陣；如一：得到的是5行2列；如二得到的是4行3列；創(chuàng)建的時(shí)候，我們指定了行，那幾列是怎么生成的

矩陣數(shù)據(jù)的元素?cái)?shù)量/nrow，如果是小數(shù)就進(jìn)一。

35出現(xiàn)這種情況的原因是什么呢

注意看下方圖片

36有沒有uu知道這個(gè)是怎么肥事？fastq文件沒有亂碼，是不是fastq這個(gè)軟件的問題

首先這個(gè)軟件叫fastp，其次似乎是權(quán)限問題，無(wú)法寫出到輸出文件

37問一下哈 我這代碼到這是怎么了？后面加號(hào)到底該寫啥呢

在sepal.width后面少了一個(gè))

38請(qǐng)問這個(gè)是軟件版本的問題嗎

不，你的samtools缺失了依賴庫(kù)，缺啥補(bǔ)啥。

39有uu能解讀一下這個(gè)代碼嗎

分裂title這一列，分裂開的元素用空格作為間隔，并且將數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)化。

40這environment怎么清空呀

398mb旁邊的刷子，也可以rm(list＝ls（))。

41線程數(shù)調(diào)16會(huì)不會(huì)更快？最多能調(diào)到多少呀

會(huì)，看你服務(wù)器有多少，你看看htop的結(jié)果。

42這個(gè)包我已經(jīng)有了 library還是報(bào)錯(cuò)

重啟r，然后，loading the library(patchwork) before loading clusterProfiler.

43為什么先用臨床信息行名和表達(dá)矩陣列明取了交集 再分別取自己就能保證順序?qū)?yīng)呀

就是對(duì)應(yīng)的。向量是有順序的，從左到右，不會(huì)變，那個(gè)s是一個(gè)固定順序的向量

44我安裝TwoSampleMR包的時(shí)候提示我R版本不對(duì)，我應(yīng)該重新安裝R語(yǔ)言么

請(qǐng)復(fù)習(xí)課程中提到的安裝R包的三種方法。

45這兩個(gè)位置的GPL代碼應(yīng)該是一致的吧，為什么運(yùn)行之后報(bào)錯(cuò)顯示“gpl_570 not found"?

看下面的圖，find_anno("GPL570")

46只有g(shù)ene symbol，沒有p值和logFc可以做GO和KEGG富集分析嗎

可以的，富集分析需要的輸入數(shù)據(jù)只有基因名。

47這兩個(gè)包是并列的關(guān)系么？是不是二選一即可？

不需要選，第二句代碼，是第一句運(yùn)行結(jié)果里面復(fù)制的。

48rmd是不能實(shí)現(xiàn)圖片即插即顯示嗎，我試過RStudio和sublime還有typora都實(shí)現(xiàn)不了

軟件有對(duì)應(yīng)的語(yǔ)法的~

49我嘗試自己復(fù)現(xiàn)GSE27359這個(gè)包里的代碼的時(shí)候，想要獲取探針注釋，試了課上的方法發(fā)現(xiàn)只能從web上下載，但是表格沒有download full table這個(gè)選項(xiàng)，怎么處理哇，我只會(huì)用愚蠢的copy paste到notepad里，有沒有更好的方法？

試試看這個(gè)代碼

library(GEOquery)
a <- getGEO("GPL17586")
b <- a@dataTable@table

50我用昨晚課上的步驟裝軟件的時(shí)候，老是出現(xiàn)這個(gè)error，但是我這顯示是有這個(gè)文件的呀

你看看能不能先把你裝好的環(huán)境導(dǎo)出來 然后直接把miniconda3文件夾刪了重新安裝，再把環(huán)境導(dǎo)回去。這是mamba的問題。當(dāng)然 你也可以試試在你安裝mamba的環(huán)境里把mamba刪了試試

51請(qǐng)問各位老師，這個(gè)怎么回事？

你這個(gè)是依賴包，不需要驗(yàn)證。

52各位老師，這個(gè)安裝成功后 兩個(gè)help 顯示都不對(duì)

trim 是對(duì)的，cutadapt 是版本問題，你換個(gè)新版本試試

53我啟動(dòng)服務(wù)器的時(shí)候遇到這種報(bào)錯(cuò)要怎么解決呀

之前有成功登錄的話，換個(gè)網(wǎng)絡(luò)試試。

54請(qǐng)問老師 library之后，如何退出 R 的交互界面 回到 R4 環(huán)境？

q()

55這個(gè)是什么意思？

意外中斷，重新運(yùn)行一下。

56有沒有用gatk遇到這種錯(cuò)誤的？配置gatk它又出來這個(gè)錯(cuò)誤

參數(shù)沒寫對(duì)，你可能是要用等號(hào)，gatk也可以用conda安裝的。

57請(qǐng)問大家在rna環(huán)境中安裝multiqc這個(gè)軟件時(shí)會(huì)有安裝不上的情況嗎，具體表現(xiàn)為一直在solving environment，但切換安裝同一環(huán)境下的其他軟件時(shí)卻可以

可能是遇到了軟件之間的沖突 如果持續(xù)遇到相同的問題 可以考慮新建一個(gè)環(huán)境重新安裝一遍軟件 或者你單獨(dú)創(chuàng)建個(gè)環(huán)境給multiqc也不是不行??唯一的問題就是每次使用multiqc都要切到特定環(huán)境。

58轉(zhuǎn)錄組分析的數(shù)據(jù)結(jié)果要是沒重復(fù)，下游作圖用哪個(gè)軟件好一點(diǎn)呢

edgeR

59如果GEO上直接有表達(dá)量矩陣，是不是就不用做上游分析了?

如果確定作者給的表達(dá)量矩陣沒有問題，就無(wú)需你走上游流程哈。

60我運(yùn)行str_split 拆分如下，而不是老師課上講的，為什么？

老師的pattern這里，是空格；你的是空，所以沒有輸入正確的分隔pattern，分隔出來的內(nèi)容也就不一致了。

61用mamba裝kingfisher出錯(cuò)請(qǐng)問是什么情況呀

上面寫了，/libmamba. so.2，去谷歌搜索看看，你其實(shí)還沒有開始用mamba裝kingfisher軟件，僅僅是使用mamba裝kingfisher環(huán)境，軟件和環(huán)境不一樣。

62這個(gè)mat=mat[, colSums(mat)/1000000 >10]的作用是啥?。?/span>

文庫(kù)大小低于10m的樣品刪除。

63為什么我們的表達(dá)矩陣要使用外顯子這個(gè)feature，而不使用gene呢，這樣得到的表達(dá)矩陣還需要將同一個(gè)基因的所有外顯子的表達(dá)量相加，才是同一個(gè)基因的表達(dá)量吧？

是的，使用外顯子這個(gè)feature，而不使用gene。所以，這樣得到的表達(dá)矩陣還需要將同一個(gè)基因的所有外顯子的表達(dá)量相加，才是同一個(gè)基因的表達(dá)量，因?yàn)槟J(rèn)基因的內(nèi)含子區(qū)域定量是不需要的。