陸軍參謀局　在明治四年(一八七一年)七月改革兵部省編制體制過程中，設(shè)立了陸軍參謀局，作為省內(nèi)的一個特別局。參謀局是掌管軍令的專門機(jī)構(gòu)，它“以大輔為都督”，“參與籌劃機(jī)密事務(wù)，編輯兵要地志以及管理諜報事宜”，它的成立表明專管軍令的機(jī)構(gòu)出現(xiàn)了獨(dú)立的萌芽。

明治五年(一八七二年)二月陸海軍省分立時，陸軍參謀局這一組織仍保留了下來。但在翌年四月陸軍省機(jī)構(gòu)改革中，被列為陸軍省的內(nèi)局 [ 譯者注：直接受陸軍省監(jiān)督和指揮的局。 ] ，即第六局，成為一個主管陸軍文庫的軍事研究機(jī)關(guān)，而不再是掌管軍令的機(jī)關(guān)。大多數(shù)軍令事務(wù)由第一局負(fù)責(zé)。

這一時期，軍令、軍政的區(qū)分尚不明確，處于政令合一或混淆狀態(tài)，因而軍制上也出現(xiàn)徘徊不定的局面。

明治七年(一八七四年)二月，第六局撤銷，設(shè)立了參謀局，作為陸軍省的外局 [ 譯者注：雖直屬陸軍省，但具有一定的獨(dú)立性。 ] 。這是這一時期隨著改變名稱而采取的臨時性措施。其職權(quán)仍是管理陸軍文庫。但到六月，又新制訂了參謀局條例，重新規(guī)定它是掌管軍令的機(jī)關(guān)，從而向陸軍二元化軍事組織體制邁出了第一步。

參謀局條例規(guī)定，參謀局長隸屬于陸軍卿，“要熟悉日本全陸軍的法規(guī)制度，明確軍事戰(zhàn)略，以負(fù)責(zé)參與對機(jī)密事務(wù)的籌劃，平時熟悉地理，了解地志，戰(zhàn)時運(yùn)籌帷幄，確定部署，限定路程，區(qū)分戰(zhàn)略”。

隨之于九月制定了陸軍省組織章程，規(guī)定參謀局的職責(zé)是“管理陸軍參謀科事務(wù)和陸軍文庫?！?/p>

如上所述，在佐賀之亂和西南戰(zhàn)爭中，討伐總督受權(quán)處理了陸海軍一切軍事事務(wù)。但是，此種情況促使當(dāng)局重新考慮對文官總督同時授予軍政兩種權(quán)限的弊病。鑒于此次作戰(zhàn)的經(jīng)驗(yàn)，痛感確立作戰(zhàn)部隊的指揮系統(tǒng)，提高參謀能力的必要。從而認(rèn)識到，在軍事上必須從平時就確立軍令系統(tǒng)，建立提高其地位的相應(yīng)組織，并使之制度化。

德國軍制引入日本，給認(rèn)為軍事一元化組織體制不適當(dāng)?shù)娜艘院艽笥绊?。日本陸軍自?chuàng)建以來，一直抄襲法國軍制，但到這一時期，當(dāng)?shù)聡谝话似咭荒昶辗☉?zhàn)爭中打敗法國成為強(qiáng)國以后，出現(xiàn)了要仿效德國軍制的傾向。德國軍隊在國家中的地位很高，其軍制是軍政、軍令各成體系，日本熱心倡導(dǎo)這種軍制的，是多年留學(xué)德國、研究該國軍制的桂太郎，大力推行這種軍制的是山縣有朋。

除上述軍事上的理由之外，還有另外一種考慮，為防止當(dāng)時迅速發(fā)展的自由民權(quán)運(yùn)動波及到軍隊，必須把軍隊以及軍人和政治分開，確立軍隊政治上的中立。當(dāng)時的政府首腦們對軍隊現(xiàn)狀感到憂慮，為迅速改編和加強(qiáng)軍隊，確立天皇對軍隊的實(shí)際統(tǒng)率權(quán)，他們贊同軍令機(jī)關(guān)的獨(dú)立。

明治新政府雖采取政治和軍事一體化的組織形式，但實(shí)際上卻是兩者混淆，軍政不分的狀態(tài)，因而有一種潛在的勢力要求迅速把政權(quán)和兵權(quán)分開，確立各自的主體性。尤其在軍隊的領(lǐng)導(dǎo)者中，有強(qiáng)烈要求提高軍隊地位的傾向。

由于上述原因，要求設(shè)立天皇直轄的軍令機(jī)關(guān)的意見占據(jù)了上風(fēng)，但這種意見還不夠具體，以致在尚未充分研究設(shè)立一個什么樣的組織的情況下就決定了成立新機(jī)構(gòu)。

天皇直轄的參謀部的設(shè)立　明治十一年(一八七八年)十月，陸軍省以陸軍卿西鄉(xiāng)從道的名義把擴(kuò)充參謀局的建設(shè)呈交太政官。該建議主張首先把陸軍的軍務(wù)分為軍政和軍令，軍政歸陸軍省，軍令由參謀局負(fù)責(zé)，參謀局的任務(wù)極為重要，因而必須擴(kuò)充參謀局，把它從陸軍省獨(dú)立出來，置于政府行政范圍之外。

西鄉(xiāng)從道

這一要求得到認(rèn)可，遂于十二月五日撤銷參謀局，新成立了天皇直轄的參謀部。

參謀部的獨(dú)立，意味著只有陸軍軍令機(jī)關(guān)脫離了當(dāng)時以太政大臣為最高領(lǐng)導(dǎo)的政府機(jī)構(gòu)。這是繼陸海軍省分立之后的又一項(xiàng)重大改革。

當(dāng)時制定的參謀部條例規(guī)定，參謀部統(tǒng)帥近衛(wèi)部隊和各鎮(zhèn)臺的參謀部(第一條)，參謀長，根據(jù)敕命由一名將官擔(dān)任，“統(tǒng)管部務(wù)，參與籌劃機(jī)密事務(wù)”(第二條)，作為天皇在陸軍軍令方面的最高參謀長，負(fù)責(zé)處理規(guī)定的軍令事項(xiàng)。

條例還規(guī)定了參謀長平時和戰(zhàn)時的任務(wù)(第四至六條)，特別要求戰(zhàn)時在一切有關(guān)軍令事務(wù)上直接輔佐天皇。所謂一切軍令，即包括整個陸海軍，這意味著參謀長就是戰(zhàn)時天皇的參謀長。但由于條文不完備，這一點(diǎn)沒有明文規(guī)定，以致給后來造成了麻煩。

參謀部下設(shè)一個科和兩個局，即總務(wù)科、管東局、管西局。

參謀部獨(dú)立后，不僅要明確參謀部和陸軍省的權(quán)限，防止發(fā)生爭議，同時，還必須圓滿解決兩者的協(xié)調(diào)問題。為此，陸軍省制定了《本省與本部權(quán)限之大略》，作了內(nèi)部規(guī)定。

山縣有朋

十二月二十四日，陸軍中將兼陸軍卿、參議山縣有朋被免去陸軍卿職務(wù)，任命為第一任參謀長，但仍繼續(xù)兼任參議，借以加強(qiáng)政府與參謀部的聯(lián)系。這時陸軍中將西鄉(xiāng)從道任陸軍卿，在成立參謀部時，陸軍中將大山巖任副參謀長，作了人事上的協(xié)調(diào)。

明治十二年(一八七九年)十月，陸軍組織體制進(jìn)行了全面改革。規(guī)定，參謀長“管轄陸軍參謀科的軍官，并統(tǒng)管關(guān)于軍事戰(zhàn)略方面的兵要地志，凡與軍令有關(guān)者，均由參謀長籌劃上奏，天皇裁決后，由陸軍卿負(fù)責(zé)實(shí)施?！睆亩鞔_了參謀長的職責(zé)、天皇與陸軍卿之間的關(guān)系。

監(jiān)軍總部　參謀部成立后不久，于同年十二月十三日在東京新設(shè)立了由天皇直轄的監(jiān)軍總部，負(fù)責(zé)全陸軍的監(jiān)督及軍令事項(xiàng)的貫徹。監(jiān)軍總部也是在軍令機(jī)關(guān)獨(dú)立形勢的影響下而一舉創(chuàng)設(shè)的，它的前身是陸軍三兵部(一八七一年至一八七三年設(shè)置)。

監(jiān)軍總部未任命部長，下設(shè)東部監(jiān)軍部、中部監(jiān)軍部、西部監(jiān)軍部，各監(jiān)軍部長隸屬于天皇，平時分管兩個軍管區(qū)(管轄兩個鎮(zhèn)臺)的監(jiān)督和軍令事項(xiàng)，熟悉其管轄地區(qū)的地理事戰(zhàn)時作為師司令官(師長)統(tǒng)率兩個鎮(zhèn)臺(常備現(xiàn)役兩個旅和一個后備隊)。

監(jiān)軍部長也獨(dú)立于太政大臣、陸軍卿和參謀長，因此，參謀長、監(jiān)軍部長所管轄的軍令事項(xiàng)無需太政大臣的輔弼便可實(shí)施。但監(jiān)軍部長所執(zhí)行的事項(xiàng)，則全部由天皇在參謀長輔佐下行使軍令大權(quán)，因而在軍令方面已確立了比以往更加明確和系統(tǒng)的體制。

谷干城，四將軍派

監(jiān)軍總部成立時，任命了陸軍中將谷干城為東部監(jiān)軍部長，陸軍中將野津鎮(zhèn)雄為中部監(jiān)軍部長，陸軍中將三浦梧樓任西部監(jiān)軍部長，從而完善了統(tǒng)帥機(jī)構(gòu)。

海軍的中央軍令機(jī)關(guān)　明治四年(一八七一年)七月陸軍參謀局作為兵部省內(nèi)的一個特別局成立時，海軍還沒有與此相當(dāng)?shù)臋C(jī)構(gòu)，軍令方面的業(yè)務(wù)由兵部省海軍部內(nèi)的海軍軍務(wù)局負(fù)責(zé)。明治五年(一八七二年)二月設(shè)立海軍省的時候及其以后，仍然如此。同年十二月頒布海軍省條例，這個條例規(guī)定，軍務(wù)局“掌管海軍文武官員的調(diào)查和軍事上的各種事務(wù)”。

軍務(wù)局在明治七年(一八七四年)五月至明治九年(一八七六年)八月撤銷，在這一時期先后由海軍省軍事科和海軍省事務(wù)科履行海軍中央軍令機(jī)構(gòu)的職能。

明治十一年(一八七八年)十二月，陸軍的參謀部脫離陸軍省而獨(dú)立，而海軍卻仍然由海軍卿負(fù)責(zé)并掌握軍政和軍令全部大權(quán)，未進(jìn)行這方面的機(jī)構(gòu)改革。這個時期，海軍艦艇還很少，海軍組建專門的中央軍令機(jī)關(guān)的必要性不大。