兩江是清代唯一一個轄三省的行政區(qū)，其財賦收入占全國的三分之一，故兩江總督在所有疆臣中占有舉足輕重的地位，特殊時期甚至超過直隸總督。

與其他省區(qū)不同，兩江之地的行政體系也是最復(fù)雜的，涵蓋的事務(wù)眾多，非總督一人所能囊括。朝廷在兩江設(shè)立了三總督、三巡撫以及八旗駐防將軍，共同治理兩江三省。所以從權(quán)力方面而言，兩江總督又受到諸多的限制，至少在轄區(qū)之內(nèi)有以下幾個方面沒有話語權(quán)和決策權(quán)。

一是不得干涉漕運(yùn)事務(wù)

兩江總督的全銜為：“總督兩江等次地方，提督軍務(wù)、糧餉，操江，統(tǒng)轄南河事務(wù)”，從官職全銜就能看出，江督并沒有被授予漕運(yùn)方面的權(quán)力。

漕運(yùn)即水運(yùn)，自明代開會通河始罷海運(yùn)、陸運(yùn)而為河運(yùn)，將沿江沿海之山東、河南、江蘇、安徽、浙江、湖北、湖南八省征收之米石，由水路運(yùn)往京師，其糧稱為“漕糧”，以供應(yīng)京師權(quán)貴與八旗兵丁。

漕運(yùn)總督是一個單獨(dú)的行政系統(tǒng)，設(shè)漕運(yùn)總督專管漕糧事務(wù)，其駐地在江蘇淮安府。嚴(yán)格地說，漕運(yùn)與地方行政是分不開的，征收、運(yùn)輸方面等需要地方官加以配合，但所設(shè)之督糧道和運(yùn)糧官直屬漕運(yùn)總督管轄，不受兩江總督和各省巡撫節(jié)制。

清初時期，漕運(yùn)總督例兼兵部尚書銜，與江督平起平坐。乾隆時期改為兼兵部侍郎銜，低江督一級。

二是不能染指河道

與漕運(yùn)一樣，河道也是一個單獨(dú)的行政體系，直接受皇帝領(lǐng)導(dǎo)，入關(guān)之初的順治元年便設(shè)河道總督一人，駐清江浦（初駐山東濟(jì)寧）綜理黃河、運(yùn)河之一切事務(wù)。雍正時期河道系統(tǒng)不斷擴(kuò)充，分為北河、東河、南河三總督。

河道官是全國職務(wù)體系中最專業(yè)的，官員任免的資格主要取決于治河能力，對于出身的考核并不嚴(yán)。各省河道官員的編制隸屬河道總督衙門，江督以及江蘇巡撫沒有考核權(quán)，也不能干預(yù)河道事務(wù)。

不過相比于漕運(yùn)，江督多少也有協(xié)助河道總督辦理事務(wù)的性質(zhì)，所以全銜上有“統(tǒng)轄南河事務(wù)”的字樣，至咸豐八年以后，南河河道總督裁撤，由漕運(yùn)總督兼領(lǐng)。

三是無法節(jié)制教育系統(tǒng)

清代的地方行政中，教育和民政是區(qū)別開來的，這一點(diǎn)與明代有很大的不同。負(fù)責(zé)一省教育、科舉、學(xué)校的長官為“提督學(xué)政”，其學(xué)政人選例由皇帝欽點(diǎn)，屬于朝廷委派的欽差大臣。

學(xué)政一般是進(jìn)士出身學(xué)官，級別普遍不高，但是在地方大員的排序上僅次于巡撫，位列二司之上。如遇地方重大事務(wù)江督需會同巡撫、學(xué)政共同商議，而且自嘉慶以后，各省學(xué)政還肩負(fù)有密查地方大員的職能。

四是不能插手鹽政事務(wù)

鹽課是清代國家財賦重要的組成部分，清初沿襲明制在產(chǎn)鹽區(qū)設(shè)立單獨(dú)的行政機(jī)構(gòu)加以管理。主要的產(chǎn)鹽區(qū)為兩淮、兩浙、長蘆、河?xùn)|四個大區(qū)。其中又以兩淮鹽務(wù)為最重。

鹽政系統(tǒng)的最高長官為鹽運(yùn)使，其衙門稱為“都轉(zhuǎn)鹽運(yùn)使司”，鹽運(yùn)使例由皇帝欽點(diǎn)，且大多數(shù)時候以內(nèi)務(wù)府官員充任，其鹽官不受地方官的節(jié)制，故江督無節(jié)制監(jiān)察之權(quán)。

道光時期鹽務(wù)敗壞，朝廷有心加以整治，從道光十一年開始，以兩江總督兼理兩淮鹽政，此后江督才有了管理鹽政之責(zé)。

五是無權(quán)過問八旗駐軍

八旗駐防始于順治朝，成制于三藩之亂后。全國重要省份一般都由八旗駐防軍，或以將軍、都統(tǒng)領(lǐng)之，或以副都統(tǒng)領(lǐng)之。

兩江是經(jīng)濟(jì)、文化最發(fā)達(dá)的地區(qū)，八旗駐防軍級別高、數(shù)量多，以江寧將軍坐鎮(zhèn)統(tǒng)籌。派遣八旗分駐地方，其主要目的就是為了監(jiān)視漢人以維護(hù)清王朝的統(tǒng)治，這就注定作為地方最高軍政長官的江督無法過問駐軍事務(wù)。

從清初至咸豐以前，江寧將軍的地位都略高于江督，但是到了太平天國運(yùn)動之后，因八旗的衰弱，已經(jīng)無法起到監(jiān)督以曾國藩為首的湘軍集團(tuán)。所以從同治年間開始，江寧八旗駐軍幾同虛設(shè)。

六是不能干涉織造事務(wù)

江南三織造是宮廷派出的采辦機(jī)構(gòu)，具有欽差性質(zhì)，故有“織造部堂”之稱。清初尤其是康熙年間，江寧織造的權(quán)力遠(yuǎn)大過江督，世襲織造的曹家被康熙帝賦予密折上奏權(quán)，可以繞過內(nèi)閣、通政司向皇帝直接匯報。

江寧織造的本職工作是負(fù)責(zé)宮廷采辦，但因康熙帝的寵信，同時也被賦予了監(jiān)視江南官員、士紳的重任。當(dāng)時江督遇到重要且不便公開上疏的政務(wù)，還得請曹家?guī)兔ι献嗾邸?/p>

乾隆以后，三處織造搜集地方情況，監(jiān)視官場活動，密報地方民情的特殊作用才被取締。但是其采辦功能仍是獨(dú)立運(yùn)作的，不受江督和地方官的節(jié)制監(jiān)督。

兩江總督位高權(quán)重不假，可實(shí)際上也是全國最難當(dāng)?shù)目偠?，乾隆朝曾任江督的李世杰對此就深有感觸：

“兩江地大事劇，主持者非一人，三巡撫，一漕督，一河督，兩織造，一關(guān)使，巡漕、榷關(guān)復(fù)在外，動皆可具折上奏”。若按李世杰之言，恐怕江督的處境比御史想象中的還要難。