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基于核標(biāo)記的微生物和大生物分子鑒定徹底改變了我們對(duì)它們的分類學(xué)、系統(tǒng)發(fā)育和生態(tài)學(xué)的理解。如今，對(duì)全球生態(tài)系統(tǒng)中真核生物多樣性的研究嚴(yán)重依賴于核核糖體 RNA (rRNA) 標(biāo)記。今年6月《Database》雜志發(fā)表了一個(gè)新的參考數(shù)據(jù)庫(kù)：EUKARYOME，包含所有真核生物（包括后生動(dòng)物（動(dòng)物）、原生動(dòng)物、真菌和植物）的核核糖體 18S rRNA、內(nèi)部轉(zhuǎn)錄間隔（ITS）和 28S rRNA 標(biāo)記。 與其他帶注釋的參考序列數(shù)據(jù)庫(kù)相比，該數(shù)據(jù)庫(kù)的主要優(yōu)點(diǎn)是它不限于某些分類群，它包括所有rRNA標(biāo)記。EUKARYOME還提供了許多來(lái)自（宏）基因組和（宏）條形碼的參考長(zhǎng)讀長(zhǎng)序列，這是一種獨(dú)特的特征，可用于三代長(zhǎng)讀長(zhǎng)高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的分類鑒定和嵌合體控制。 參考數(shù)據(jù)集可以從項(xiàng)目主頁(yè)以多種格式獲?。?/p> ?? http://www.. EUKARYOME 數(shù)據(jù)庫(kù)包括來(lái)自多個(gè)參考序列數(shù)據(jù)庫(kù)的序列數(shù)據(jù)，并獨(dú)特地利用長(zhǎng)reads對(duì)來(lái)自 eDNA 的參考序列進(jìn)行分類定位。ITS標(biāo)記中的屬級(jí)信息改善了SSU和LSU的識(shí)別，特別是在rRNA基因分類分辨率低的情況下，或者在特定分類群未對(duì)這些基因進(jìn)行測(cè)序的情況下（例如許多真菌群）。此外，開(kāi)發(fā)團(tuán)隊(duì)使用可靠的rRNA基因更高級(jí)別的系統(tǒng)發(fā)育定位來(lái)解決ITS數(shù)據(jù)子集中從目到界級(jí)別的不確定性。 read來(lái)源的相對(duì)貢獻(xiàn) EUKARYOME 僅采用林奈等級(jí)，包括種、屬、科、目、類、門和界。EUKARYOME 參考數(shù)據(jù)庫(kù)根據(jù)核 rRNA SSU（150,442 個(gè)reads）、ITS（1,111,297 個(gè)reads）和 LSU（100,197 個(gè)reads）標(biāo)記分別和組合（28,684 個(gè) SSU-ITS-LSU reads）涵蓋了所有陸生和水生真核生物類群。當(dāng)前版本的數(shù)據(jù)庫(kù)共包含 1,244,454 個(gè)條目。 其主要優(yōu)勢(shì)在于： 它不局限于某些分類群，而且包括所有 rRNA 標(biāo)記； EUKARYOME 為 SSU、ITS 和 LSU 子集分別或合并編譯了注釋清晰、非冗余、高質(zhì)量的reads，用于高精度分類參考和嵌合體識(shí)別； EUKARYOME 還提供大量參考長(zhǎng)reads序列，這一獨(dú)特功能可用于三代長(zhǎng)讀長(zhǎng)高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的分類鑒定和嵌合體控制。 此外，EUKARYOME 以電子表格格式保存，以便快速搜索，并可使用 MS Excel 和其他電子表格程序或文本編輯編程語(yǔ)言的常規(guī)選項(xiàng)更新個(gè)別數(shù)據(jù)字段。 EUKARYOME 還設(shè)置了"Other databases and resources"板塊，整理了其他可用于真核生物研究的數(shù)據(jù)庫(kù)及軟件。 | | | 基于ITS區(qū)域，涵蓋所有真核生物，主要關(guān)注真菌 https://unite./ | | 基于ITS區(qū)域，涵蓋所有真核生物，主要關(guān)注真菌 https://www./ | | 包括SSU基因，主要關(guān)注原生生物 https:/// | | 重點(diǎn)研究線蟲(chóng)的 SSU 基因 https://github.com/WormsEtAl/18SNemaBase | | 關(guān)注動(dòng)物的 COI https:/// | | 真核生物線粒體DNA序列 https://www./ |
與上述數(shù)據(jù)庫(kù)相比，EUKARYOME 使用的超長(zhǎng)reads橫跨 SSU、ITS 和 LSU 區(qū)域，這對(duì)于利用超長(zhǎng)reads過(guò)濾嵌合體和改進(jìn)鑒定至關(guān)重要。 | | | 具有圖形用戶界面的宏條碼數(shù)據(jù)分析平臺(tái)；最適合定制解決方案。 https://pipecraft2-manual./en/latest/ | | 來(lái)自 PacBio 測(cè)序儀的全長(zhǎng) ITS 序列的宏條碼數(shù)據(jù)分析管道（也集成在 PipeCraft2 中） https://next-its./ |
| | The Global Soil Mycobiome consortium (GSMc) | 所有真核生物的全球土壤 SSU-V9 + ITS 數(shù)據(jù)集 https://gsmc-fungi./ | | 真菌和類真菌寄生菌生態(tài)特征數(shù)據(jù)庫(kù) https://link./article/10.1007/- s13225-020-00466-2 | | 元數(shù)據(jù)、分類注釋和數(shù)據(jù)管理平臺(tái) https://plutof./ | | 海洋生物群的分類與分級(jí) https://www./ | | 線蟲(chóng)生態(tài)特征數(shù)據(jù)庫(kù) https://nemys./ | | 所有真核生物的序列和分類資源，重點(diǎn)關(guān)注海洋原生生物 https:/// |
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