那些位于內(nèi)陸槽形低氣壓內(nèi)，高度約600公尺(2,000呎)或略低的東非湖泊有一個炎熱干旱的環(huán)境和高蒸發(fā)潛力。但是在裂谷底的較高部分，氣候狀況近似那些在側(cè)面的高地狀況。在西大裂谷，來自剛果盆地的潮濕空氣是較潮濕環(huán)境的一個來源，在坦葛尼喀湖和基武湖這種狀況占優(yōu)勢。肯亞山和魯文佐里山脈的冰斗湖就處在冰凍地帶。

大湖往往會創(chuàng)造或左右它們自己的氣候，這種狀況在大面積的維多利亞湖西岸和北岸尤為突出。在那一地區(qū)，溫度很少超過27℃(80℉)或低于16℃(60℉)，降雨在全年內(nèi)均能很好地分布。年降雨量在湖區(qū)往往最高，在內(nèi)陸就逐漸減少，至湖濱的平均1,300～1,500公釐(50～60吋[cùn])。尼亞沙湖的北端年降雨量總計(jì)約3,000公釐(120吋)，這是由于在湖首的漏斗形地勢所造成的空氣幅合加強(qiáng)了這種影響。所有主要湖泊都會有突然、危險的暴風(fēng)雨在水面上興起。

東非湖泊的水平面對氣候的起伏波動特別敏感。水平面季度變化平均幅度甚小。在小而淺的湖泊上干旱效果增大︰肯尼亞的納庫魯湖于1939～1940年間完全干涸；1949年末，魯夸湖據(jù)估計(jì)只有它正常大小的1/5; 馬拉維的奇爾瓦湖(Lake Chilwa)于1967～1968年間面積嚴(yán)重減小。

維多利亞湖面上的降雨和水位變化之間有極其重要的相互關(guān)系，基奧加(Kyoga)湖和艾伯特湖的情況會尾隨維多利亞湖，只是有個適當(dāng)?shù)臅r間差。除了降雨外，其他的因素也影響坦葛尼喀湖和尼亞沙湖的較長期波動。坦葛尼喀湖的盧庫加河出口很容易被淤泥周期性地堵塞。隨著沼澤地的延展，淤泥更形固結(jié)。

許多湖泊，尤其在東大裂谷的那些湖泊常帶咸味，但是巴林戈和奈瓦沙是例外，它們是淡水湖，人們認(rèn)為它們有地底下出口渠道。另一個極含鹽性的湖，馬加迪湖，是一個碳酸鈉湖，碳酸鈉的不斷涌現(xiàn)看來是來自深層源頭的堿水。愛德華湖和喬治湖是西大裂谷湖泊中含鹽量最高者，但是含堿并不過高。深水湖諸如坦葛尼喀湖、尼亞沙湖和基武湖的問題是，它們的深水永遠(yuǎn)是脫氧的，因而構(gòu)成一個生物荒漠。坦葛尼喀湖的75%和基伍湖的99%應(yīng)列在這個范疇內(nèi)。此外，所有這3個湖泊在它們深水內(nèi)都含有大量的硫化氫，基武湖還含有大量的沼氣。

湖泊的植被環(huán)境形形色色，從魯?shù)婪蚝诘氐陌肷衬畢^(qū)至維多利亞湖西岸和北岸的片片禁獵常綠林。在這兩極端之間、根據(jù)各個湖泊的位置，有原始森林地帶、灌木叢、草地、稀樹草原和開闊的林區(qū)。油棕是西非和剛果區(qū)的特征，在坦葛尼喀湖兩岸均有種植。毗連維多利亞湖和尼亞沙湖的人口密集和廣泛種植的地區(qū)，現(xiàn)今的植被已多經(jīng)人工改變。湖濱有開闊的海角或沙灘地貌，或有與沼澤地有關(guān)的植物，如巨薹[tái]，即紙莎草(Cyperus papyrus)，這是最多見的。

東非湖泊中主要的魚類有屬口育魚的吳郭魚屬，其種類和數(shù)量均多；類似鱸魚的一種光鰓魚，以及鮎魚屬(Bagrus)中的鮎、各種鯉、一種肺魚、屬長腭魚屬(Mormyrus)的長腭魚，還有如沙丁魚般的小魚。

含鹽量比較高的湖泊諸如納庫魯、埃爾門泰塔、馬尼亞拉，尤其是馬加迪和納特龍等湖中的魚類極其有限?；械聂~，種類既不多，數(shù)量亦不多。雖然在魯夸湖中魚的數(shù)量極多，但是品種卻少，主要是本地特有的吳郭魚。

艾伯特湖中的魚與尼羅河中的魚有親緣關(guān)系，諸如鱸魚、虎魚和多鰭魚。莫契生瀑布(Murchison Falls)這個自然屏障位於艾伯特湖北端附近，標(biāo)志著由維多利亞湖和基奧加湖形成的另一個不同的動物群地區(qū)界線。有些艾伯特湖中的品種在這兩個湖中就沒有，而這兩個湖中自有其許多獨(dú)特的品種。類似情況如塞姆利基河(Semliki River)上的湍流也阻止了將艾伯特湖中的魚品種引進(jìn)到愛德華和喬治湖中去，盡管如此，這里的魚類品種特別多。

河馬在湖濱是無所不在的，除了基伍湖濱外；鱷魚也分布甚廣，但在愛德華、喬治和基伍湖中卻沒有。這幾個湖的外流河的瀑布遮蔽了這些湖不受爬蟲類的蔓延，冰涼的山洪和沒有陽光的森林也是阻礙它們侵入的因素。國家公園和禁獵區(qū)的建立有助于獵物的增加，雖然廣泛的偷獵行為已引起許多嚴(yán)重問題。湖泊鄰近地區(qū)可見到的獵物有象、水牛和各種羚羊。

在可見到的留鳥和候鳥中，水鳥尤其引人注目。東大裂谷的幾個湖泊諸如納庫魯、埃爾門泰塔和馬尼亞拉都以它們的大量紅鸛而聞名。以水鳥為重點(diǎn)的國家公園就以它們?yōu)榛A(chǔ)。納庫魯湖是鳥類學(xué)家的天堂，愛德華湖和卡津加海峽也有極豐富的鳥類。食魚鳥(鸕鶿、鏢鱸、翠鳥)也是群湖生態(tài)的一部分。

雖然不是維多利亞湖所有沿岸都住滿了人，但是湖的邊緣地帶是非洲人口最稠密的地區(qū)之一。住在邊緣地帶的有干達(dá)人(Ganda)、索加人(Soga)、盧赫雅人(Luhya)、盧奧人(Luo)、蘇庫馬人(Sukuma)和哈亞人(Haya)；除盧奧人外(他們講尼羅-撒哈拉語言)都講班圖語。基伍河?xùn)|邊緣多為盧安達(dá)國家的人，尼亞沙湖北端和南端的低地人口也很多。但總的說來，東、西裂谷的湖泊沿岸人口稀少。

魚是東非湖泊的主要資源，但是開發(fā)的程度各湖不同。例如，烏干達(dá)擁有世界最大的淡水魚捕魚業(yè)，而肯尼亞的生產(chǎn)就相當(dāng)?shù)牡汀?a content-type='internal_link' data-link-target='1' data-node-id='gq00ouikkddcn' data-doc-id='7160565523230097439' target='_blank' data-doc-title='黑鱸' data-source=''>黑鱸和幾個種類的吳郭魚都是引進(jìn)的，形成奈瓦沙湖的商業(yè)性捕漁業(yè)的基礎(chǔ)；湖也是奈洛比居民周末所喜歡去度假的勝地，許多人是被消遣性釣魚所吸引而來此的。另一方面，在馬加迪湖提取和精煉了純堿，這是肯亞的主要出口物。

烏干達(dá)極為發(fā)達(dá)的基奧加湖漁業(yè)主要是以引進(jìn)的尼羅河鱸為基礎(chǔ)；另外，雖然維多利亞湖被認(rèn)為其漁業(yè)主要以吳郭魚為主，但是其他種類的捕獲也很重要，其中就有尼羅河鱸。維多利亞湖的漁業(yè)之重要性還在於它為鄰近城鄉(xiāng)居民提供了蛋白質(zhì)。

維多利亞湖另一重要資源是在金賈的歐文瀑布發(fā)電站，電站向烏干達(dá)和肯尼亞提供用電。此外，在瀑布上的堤壩提高了維多利亞作為尼羅河水庫的潛力。

艾伯特湖的各種魚類有尼羅河鱸和兩種虎魚，其中一種占烏干達(dá)捕漁量的2/3。艾伯特湖鄰近的一個旅游勝地為莫契生瀑布國家公園，它一直延伸至湖的北端狹窄出口處。

愛德華湖和喬治湖出色地扶持著多產(chǎn)的漁業(yè)。剛果（金）境內(nèi)的愛德華湖湖濱在維龍加國家公園內(nèi)，湖的烏干達(dá)部分則位于伊利莎白女王(魯文佐里)國家公園內(nèi)。靠近愛德華湖東北岸的卡推湖(Lake Katwe)是產(chǎn)鹽地，位于西大裂谷愛德華-喬治支流內(nèi)一個淺火山口處。

基武湖漁業(yè)的潛力比西大裂谷其他湖要有限些，但是每年卻能從該湖中獲得大量的天然氣。有許多旅游勝地。在剛果（金）布卡武(Bukavu)下方的該湖出口處，在魯濟(jì)濟(jì)河上有一個水力發(fā)電站，為坦葛尼喀湖北岸的蒲隆地首都布瓊布拉(Bujumbura)提供電力。

整體而言，坦葛尼喀湖的邊沿地區(qū)以不發(fā)達(dá)為其特征，雖然農(nóng)夫漁人在湖的北部辛勤勞作。魯夸湖在坦桑尼亞淡水捕魚方面處于第三位，僅次于維多利亞湖和坦葛尼喀湖。

東非的大多數(shù)湖泊都能通過道路和飛機(jī)而進(jìn)入。但是在主要的湖泊中，魯?shù)婪蚝铍y由道路進(jìn)入。除了艾伯特湖外，烏干達(dá)的主要湖泊都有地面交通可達(dá)。有很好的道路可通基伍湖，但是沒有適當(dāng)?shù)牡缆吠ㄌ垢鹉峥湍醽喩澈断喈?dāng)長的延伸部分。定期的內(nèi)河航道服務(wù)已在維多利亞湖、坦葛尼喀湖和尼亞沙湖上展開；其他地方，如在基武湖上有游艇服務(wù)?；蛘咴谛》秶鷥?nèi)用獨(dú)木舟和阿拉伯三角帆船來運(yùn)輸乘客和貨物。

在使用的主要港口有肯尼亞的基蘇木(Kisumu），坦桑尼亞的穆索馬(Musoma)、姆萬札和布科巴(Bukoba)，烏干達(dá)的貝爾港(Port Bell,為坎帕拉〔Kampala〕大都會區(qū)服務(wù))和金賈。烏干達(dá)的恩德比(Entebbe)已不再是湖泊港口，它有一個國際和區(qū)域的飛機(jī)場；在坦葛尼喀湖的蒲隆地港口布瓊布拉也有一個國際機(jī)場。在維多利亞湖上有湖面服務(wù)，包括那些來自金賈、基蘇木和姆萬札的鐵路-渡運(yùn)終點(diǎn)站服務(wù)；所有這三處都與海港有鐵路連接。在坦葛尼喀湖有一條鐵路通往坦桑尼亞的基戈馬(Kigoma)——這是從坦桑尼亞首都達(dá)累斯薩拉姆(Dar es Salaam)為起點(diǎn)連接贊比亞的姆普隆古(Mpulungu)的一條鐵路線，基戈馬是終點(diǎn)站。剛果(金)有一家公司以鐵路港卡萊米(Kalemi)為據(jù)點(diǎn)，保持與基戈馬、布瓊布拉和卡隆杜(Kalundu,為烏維拉〔Uvira〕城鎮(zhèn)服務(wù))的聯(lián)系。馬拉維鐵路系統(tǒng)為尼亞沙湖提供服務(wù)并有鐵路通莫桑比克沿岸的貝拉(Beira)和納卡拉(Nacala)，馬拉維的主要港口為恩科塔科塔(Nkhotakota)、奇隆巴(Chilumba)和卡龍加。

英國探險家柏頓和斯皮克循著早先阿拉伯商隊(duì)的路線于1858年抵達(dá)坦葛尼喀湖東岸。在烏吉吉(Ujiji)，蘇格蘭探險家兼?zhèn)鹘淌?a content-type='internal_link' data-link-target='1' data-node-id='lq3i3o55ts4' data-doc-id='4589013404235989312' target='_blank' data-doc-title='李文斯頓' data-source=''>李文斯頓于1859年開辟了到達(dá)尼亞沙湖的希雷河路線，1871年他與威爾斯探險家史坦利相遇，之后，兩個人接著對湖的北部作了一次勘探。然后，1874年，英國旅行者卡梅倫(Verney Lovett Cameron)探測了坦葛尼喀湖西岸的盧庫加河出口處。

柏頓于1858年留在塔波拉(Tabora)，斯皮克則向北進(jìn)軍，成為第一個看到維多利亞湖水域的歐洲人。1862年在他與同胞格蘭特一同回到東非時，斯皮克站在里彭瀑布(Ripon Falls)上宣稱，此乃尼羅河之源頭。維多利亞湖岸的詳細(xì)情況由史坦利于1875年環(huán)航了該湖之后填補(bǔ)上。

與此同時，另一個英國人貝克(Samuel White Baker)及其妻弗洛倫斯(Florence)從北面探索東非各湖，于1864年抵達(dá)艾伯特湖。1888～1889年史坦利與德國探險家帕薩(Mehmed Emin Pasa)為伴，沿著塞姆利基河前進(jìn)直至其源頭愛德華湖。最后，1894年一位德國探險家戈真(Adolf von Gotzen)成為第一位抵達(dá)基伍湖的歐洲人。

1880年代歐洲人勘探了東裂谷的湖泊。德國旅游者費(fèi)歇爾(Gustav Fischer)于1883年游覽了馬加迪湖和奈瓦沙湖，同年蘇格蘭探險家湯姆生(Joseph Thomson)到達(dá)巴林戈湖沿岸。5年后，泰萊基(Count Samuel Teleki)和霍納爾(Ludwig von Hohnel)到達(dá)魯?shù)婪蚝?。這時起對這個湖區(qū)進(jìn)行了相當(dāng)?shù)目茖W(xué)研究。