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IF25.7!利用患者源類器官(PDO)、異種移植(PDX)和基因工程小鼠模型,揭示胰腺導(dǎo)管腺癌化療耐藥新機(jī)制

 盛合瑞類器官 2024-12-11

吉西他濱聯(lián)合白蛋白紫杉醇(AG)是治療胰腺導(dǎo)管腺癌(PDAC)的重要選擇。然而,對(duì)化療的反應(yīng)相對(duì)較差,耐藥發(fā)展迅速。最近的一項(xiàng)研究中,天津醫(yī)科大學(xué)郝繼輝團(tuán)隊(duì)揭示了改善PDAC的化療耐藥新機(jī)制,并制定了可使AG方案增敏的策略。該研究結(jié)果表明,以AVL9為靶點(diǎn)的藥物Edotecarin有望成為提高PDAC對(duì)AG敏感性的治療策略。

目前,化療耐藥仍是PDAC治療面臨的最大挑戰(zhàn)。近年來,AG已被推薦為PDAC2的標(biāo)準(zhǔn)治療方案。然而,由于耐藥的原因,對(duì)AG的反應(yīng)并不令人滿意。因此,探索PDAC的潛在治療因子以克服化療耐藥是迫切需要的。多項(xiàng)研究表明AVL9可促進(jìn)多種腫瘤的進(jìn)展,但AVL9在PDAC中的作用尚未被探索。在這里,研究人員研究了AVL9在胰腺癌化療耐藥中的作用。發(fā)現(xiàn)腫瘤缺氧微環(huán)境導(dǎo)致AVL9表達(dá)升高,進(jìn)而促進(jìn)IκBα的降解和NF-κB的異常激活,從而增強(qiáng)腫瘤細(xì)胞的抗凋亡能力。此外,通過篩選抑制劑,為消除AG的化療耐藥性提供了一種有前景的靶向AVL9的藥物。

研究人員使用了類器官模型、患者來源的異種移植(PDX)和基因工程小鼠模型,采用染色質(zhì)免疫共沉淀、雙熒光素酶實(shí)驗(yàn)、免疫共沉淀和western blot分析探討其作用機(jī)制。通過蛋白結(jié)構(gòu)分析和分子對(duì)接分析鑒定AVL9抑制劑,并在PDX、PDOX和KPC模型中驗(yàn)證其療效。通過多策略篩選,研究人員發(fā)現(xiàn)AVL9是PDAC中AG耐藥的關(guān)鍵靶點(diǎn)。在機(jī)制上,缺氧相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子HIF-1α驅(qū)動(dòng)AVL9的表達(dá),AVL9可作為支架促進(jìn)IκBα與SKP1結(jié)合,增強(qiáng)IκBα的泛素化和降解,進(jìn)一步激活NF-κB通路。潛在的AVL9靶向抑制劑Edotecarin被證明可以逆轉(zhuǎn)PDAC中的AG化療耐藥性。在PDAC中,AVL9的表達(dá)由HIF1α驅(qū)動(dòng)。AVL9、IκBα和SKP1的物理相互作用為NF-κB通路的異常激活提供了新的分子機(jī)制。

1. AVL9被確定為胰腺癌化療反應(yīng)的潛在靶點(diǎn)

研究人員使用四個(gè)獨(dú)立的數(shù)據(jù)集創(chuàng)建了一個(gè)四步篩選策略:來自對(duì)AG有不同應(yīng)答的晚期PDAC患者的PDOs、PDXs、細(xì)針穿刺(FNA)的RNA-seq數(shù)據(jù),以及來自原發(fā)性PDAC的單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)(CRA001160)。

在步驟1中,10例接受了全外顯子組和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的患者的器官組織接受了AG治療,然后使用細(xì)胞滴度Glo測(cè)定分析IC50值以評(píng)估其化療反應(yīng)。根據(jù)來自AG方案的IC50值將器官組織分為兩組:敏感組(PDO1#-5#)和耐藥組(PDO6#-10#),并對(duì)敏感組和耐藥組的類器官進(jìn)行了DEGs分析。第二步,對(duì)來自6例PDAC患者的體內(nèi)PDXs進(jìn)行AG處理。采用基于HE染色的腫瘤消退評(píng)分(TRG)評(píng)估其化療反應(yīng),將TRG評(píng)分為1-2-3分的PDXs定義為敏感組,4 ~ 5分的PDXs定義為抵抗組,并進(jìn)行了DEGs分析。第三步,6例PDAC患者接受2個(gè)周期AG方案新輔助化療。對(duì)切除的腫瘤進(jìn)行TRG評(píng)分,根據(jù)評(píng)分將這些類器官分為兩組:敏感組(PDAC1#-3#)和抵抗組(PDAC4#-6#),并對(duì)FNA獲得的原發(fā)性PDAC標(biāo)本進(jìn)行RNA測(cè)序,然后確定敏感組和耐藥組之間的DEGs。第四步,從PDAC原發(fā)灶和癌旁組織中獲取單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)(CRA001160)進(jìn)行降維,然后分析正常和惡性導(dǎo)管細(xì)胞之間的DEGs。

最后,對(duì)四個(gè)數(shù)據(jù)集的DEGs進(jìn)行識(shí)別,取交集。對(duì)表達(dá)量增加的前10個(gè)基因進(jìn)行評(píng)估,AVL9被確定為在PDAC中與AG耐藥和生存預(yù)后相關(guān)的最具差異的過表達(dá)基因。此外,使用單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)(CRA001160)確認(rèn)了其表達(dá)模式。在其他公共數(shù)據(jù)集中(GSE28735,GSE62452,GSE71729)也證實(shí)了AVL9在PDAC腫瘤組織中的表達(dá)增加(圖1)。基于這些實(shí)驗(yàn)研究和生物信息學(xué)分析,研究人員確定AVL9是改善PDAC中AG耐受性的潛在靶點(diǎn)。

圖1 AVL9被確定為胰腺癌化療反應(yīng)的潛在靶點(diǎn)

2. AVL9在胰腺導(dǎo)管腺癌中的表達(dá)及其臨床意義

研究人員收集了腫瘤和癌旁組織,檢測(cè)AVL9在PDAC中的表達(dá),發(fā)現(xiàn)AVL9在腫瘤中過表達(dá),并且在64對(duì)腫瘤中有較高水平,這被TCGA數(shù)據(jù)證實(shí)。此外,AVL9低表達(dá)患者的總生存期和無復(fù)發(fā)生存期較長(zhǎng)。在兩個(gè)隊(duì)列中進(jìn)一步驗(yàn)證發(fā)現(xiàn),AVL9高表達(dá)與接受AG方案新輔助化療的患者早期肝轉(zhuǎn)移和無進(jìn)展生存期下降相關(guān)。此外,與AVL9-low組相比,AG在AVL9-high組中的IC50值顯著較高。研究人員使用隨機(jī)選取的6例患者的手術(shù)腫瘤組織構(gòu)建PDX模型,根據(jù)AVL9的表達(dá)水平將其分為兩組,發(fā)現(xiàn)與AVL9-low組相比,AVL9-high組的腫瘤重量抑制顯著降低(圖2)。結(jié)果表明AVL9的高表達(dá)與PDAC患者的不良預(yù)后和化療耐藥相關(guān)。

圖2 AVL9在胰腺導(dǎo)管腺癌中的表達(dá)及其臨床意義

3. 腫瘤AVL9在體內(nèi)外促進(jìn)PDAC的化療耐藥

通過評(píng)估AVL9在原代細(xì)胞系中的表達(dá)和創(chuàng)建穩(wěn)定細(xì)胞系,研究人員在低、中表達(dá)水平的細(xì)胞系中過表達(dá)AVL9,在中、高表達(dá)水平的細(xì)胞系中下調(diào)AVL9的表達(dá)。發(fā)現(xiàn)過表達(dá)AVL9增加了AG的IC50,而敲除AVL9則降低了該值。在AG缺失的情況下,AVL9的異位表達(dá)不影響腫瘤細(xì)胞的增殖或凋亡。然而,在AG處理過程中,它降低了細(xì)胞凋亡率,而敲低AVL9導(dǎo)致細(xì)胞凋亡增加。AVL9在正常條件下對(duì)細(xì)胞生長(zhǎng)的影響最小,但在AG治療期間提高了細(xì)胞存活率。在正常條件下,AVL9不改變DNA損傷或凋亡相關(guān)蛋白,但在AG處理下敲低AVL9導(dǎo)致γ-H2X和Cleaved-Caspase3水平升高。為了進(jìn)一步研究AVL9是否可以解釋PDAC在體內(nèi)的化療反應(yīng),研究人員構(gòu)建了KPC小鼠AVL9純合缺失(KPCA)。出生2個(gè)月后,將KPC和KPCA小鼠隨機(jī)分為兩組:vehicle組和AG組。檢測(cè)發(fā)現(xiàn),經(jīng)AG處理后,KPCA的腫瘤負(fù)荷明顯低于KPC。此外,研究人員發(fā)現(xiàn)經(jīng)AG處理后,KPCA小鼠中cleaved-caspase3標(biāo)記的腫瘤凋亡顯著增加。在一項(xiàng)平行的生存試驗(yàn)中,研究人員在接受AG治療的KPCA小鼠中觀察到顯著的生存獲益(圖3)。綜上所述,體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)結(jié)果提示腫瘤AVL9促進(jìn)了PDAC的化療耐藥。

圖3 腫瘤AVL9在體內(nèi)外促進(jìn)PDAC的化療耐藥

4. 缺氧相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子HIF-1α驅(qū)動(dòng)PDAC中AVL9的表達(dá)

研究人員對(duì)4例患者的新鮮腫瘤組織進(jìn)行了scRNA-seq,分析了24,410個(gè)細(xì)胞,發(fā)現(xiàn)HIF1α的特異性表達(dá)與AVL9的陽性相關(guān)。檢測(cè)發(fā)現(xiàn)AVL9和HIF1α mRNA水平之間存在強(qiáng)的正相關(guān)關(guān)系,并且在腫瘤組織中存在正的IHC相關(guān)性。低氧條件下HIF-1α和AVL9的mRNA和蛋白水平均升高。用HIF-1α抑制劑KC7F2處理后,AVL9的表達(dá)顯著降低。計(jì)算分析顯示在AVL9啟動(dòng)子處有一個(gè)強(qiáng)有力的缺氧反應(yīng)元件(HRE)。染色質(zhì)pull-down實(shí)驗(yàn)顯示HIF-1α與AVL9啟動(dòng)子結(jié)合。熒光素酶實(shí)驗(yàn)也證實(shí)HIF1-1α增加了AVL9啟動(dòng)子的活性。因此,在PDAC中,以其在缺氧中的作用而聞名的HIF-1α很可能調(diào)節(jié)了AVL9的表達(dá)。分析胰腺導(dǎo)管腺癌組織中AVL9的表達(dá)和乳酸水平,以確定乳酸對(duì)AVL9表達(dá)的影響,結(jié)果顯示AVL9評(píng)分與乳酸含量呈正相關(guān)。在癌細(xì)胞培養(yǎng)物中添加25 mM乳酸,隨著時(shí)間的推移,AVL9 mRNA水平增加,并提高總泛乳糖基賴氨酸(Kla)的表達(dá)。研究人員還研究了組蛋白的乳糖化是否促進(jìn)AVL9的表達(dá),發(fā)現(xiàn)乳酸處理增加了AVL9和H3K18la的水平。靶向乳酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的抑制劑AR-C155858顯著降低了AVL9和H3K18la的表達(dá)??笻3K18la抗體的ChIP顯示,H3K18la在AVL9啟動(dòng)子區(qū)域富集(圖4)。這些發(fā)現(xiàn)表明,TME中缺氧相關(guān)的乳酸蓄積通過H3K18la誘導(dǎo)AVL9表達(dá)。

圖4 低氧環(huán)境可促進(jìn)PDAC中AVL9的表達(dá)

5. AVL9通過誘導(dǎo)IκBα泛素化蛋白酶體降解和P6核轉(zhuǎn)位增強(qiáng)PDAC的化療耐藥

為了研究AVL9如何增強(qiáng)胰腺癌細(xì)胞的化療耐藥性,研究人員對(duì)PDX-vector/AVL9-OE細(xì)胞系進(jìn)行了RNA-seq和GSEA分析。值得注意的是,NF-κB信號(hào)通路在AVL9-OE細(xì)胞中高度富集,AVL9過表達(dá)可增強(qiáng)P65的核轉(zhuǎn)位,但不影響IKKβ、IκBα或P65的磷酸化。此外,AVL9在不影響IκBα mRNA水平的情況下降低了IκBα蛋白水平,表明在翻譯調(diào)節(jié)中起作用。CHX處理證實(shí)AVL9促進(jìn)IκBα降解,MG132處理逆轉(zhuǎn)了AVL9對(duì)IκBα穩(wěn)定性的影響。AVL9還增加了IκBα泛素化水平,IκBα-KO實(shí)驗(yàn)表明,AVL9可以抵消AVL9的化療耐藥效應(yīng)(圖5)。綜上所述,AVL9通過促進(jìn)IκBα泛素化和促進(jìn)P65核轉(zhuǎn)位增加PDAC的化療耐藥性。

圖5 AVL9通過誘導(dǎo)IκBα的泛素化-蛋白酶體降解和P65的核轉(zhuǎn)位增強(qiáng)PDAC的化療耐藥性

6. AVL9促進(jìn)IκBα與SKP1結(jié)合,從而介導(dǎo)IκBα在PDAC中的泛素化-蛋白酶體降解

已知IKK1和IKK2介導(dǎo)IκB降解和NFκB修飾。然而,AVL9不影響IKKβ、IκBα和P65的磷酸化水平,表明在高AVL9水平的PDAC中,IκB的降解可能獨(dú)立于IKK發(fā)生。為了驗(yàn)證假設(shè),研究人員使用CRISPR/Cas9技術(shù)構(gòu)建了ikkβ缺陷的PDX細(xì)胞系。然后用AVL9-OE或shAVL9質(zhì)粒轉(zhuǎn)染這些細(xì)胞系,發(fā)現(xiàn)AVL9通過一種不依賴于IKKβ的機(jī)制促進(jìn)IκBα的降解并促進(jìn)PDAC的化療耐藥。為了探究AVL9在調(diào)控IκBα穩(wěn)定性中的作用,研究人員通過親和純化和質(zhì)譜分析與AVL9相互作用的蛋白。免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)顯示,在PDX細(xì)胞系中,F(xiàn)lag-AVL9與MYC-IκBα共沉淀,MYC-IκBα也可與Flag-AVL9共沉淀。此外,研究人員觀察到了內(nèi)源性相互作用。研究人員還發(fā)現(xiàn)AVL9與SKP1相互作用,并直接與SKP1和IκBα結(jié)合。MG132處理增加了SKP1與IκBα的結(jié)合,敲低SKP1抑制了AVL9介導(dǎo)的IκBα的降解,表明AVL9通過促進(jìn)IκBα與SKP1的結(jié)合來增強(qiáng)IκBα的降解。為了確定結(jié)合區(qū)域,截?cái)嘌芯堪l(fā)現(xiàn)AVL9-Domain4(aa 380-600)和SKP1-Domain3(aa 114-145),以及AVL9-Domain4和IκBα-Domain3(aa 182-211)有相互作用。體外實(shí)驗(yàn)證實(shí),敲除AVL9的關(guān)鍵結(jié)構(gòu)域(aa 380-600)可消除其化療耐藥作用(圖6)。這些發(fā)現(xiàn)為精確靶向AVL9以克服PDAC的化療耐受性提供了新的見解。

圖6 AVL9促進(jìn)IκBα與SKP1的結(jié)合

7. 分子對(duì)接分析發(fā)現(xiàn),Edotecarin可干擾AVL9與SKP1的相互作用,從而增加PDAC對(duì)AG方案的敏感性

考慮到AVL9-SKP1復(fù)合體在PDAC化療耐藥中的重要作用,通過分子對(duì)接分析篩選干擾AVL9與SKP1相互作用的潛在抑制劑。AVL9和SKP1相互作用位點(diǎn)的幾個(gè)候選配體被確定。其中,拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑Edotecarin的親和力得分最高。免疫共沉淀驗(yàn)證了Edotecarin可以顯著取消SKP1和AVL9之間的物理相互作用。接下來,研究人員使用SynergyFinder2.0在PDO模型中分析了Edotecarin和GEM的聯(lián)合作用。Edotecarin與GEM的綜合協(xié)同評(píng)分表明,在測(cè)試的濃度范圍內(nèi),Edotecarin和GEM表現(xiàn)出協(xié)同的細(xì)胞毒性作用。此外,AG聯(lián)合Edotecarin可以明顯誘導(dǎo)凋亡標(biāo)志物(Caspase3/7)的表達(dá)。與KPCAVL9-WT組相比,AG能顯著抑制KPCAVL9-KO組的胰腺腫瘤負(fù)荷,而Edotecarin能顯著消除這種差異。胰腺腫瘤的Cleaved-Caspase3染色也顯示了類似的結(jié)果。在平行生存試驗(yàn)中,KPCAVL9-KO組可以從AG中獲得比KPCAVL9-WT組更多的生存獲益,而KPCAVL9-KO組在AG+ Edotecarin處理后未能獲得更長(zhǎng)的生存時(shí)間。在體內(nèi),研究人員使用了幾種臨床前小鼠模型,包括PDOX、PDX和KPC。將熒光素酶標(biāo)記的PDO原位移植到裸鼠體內(nèi),并隨機(jī)分為4組。檢測(cè)發(fā)現(xiàn)與單藥治療相比,聯(lián)合治療顯著降低了腫瘤負(fù)荷。此外,Edotecarin和AG的聯(lián)合使用導(dǎo)致了更高的腫瘤細(xì)胞凋亡率。更重要的是,聯(lián)合用藥組患者的生存時(shí)間更長(zhǎng)(圖7)。以上證據(jù)表明,在臨床前小鼠模型中,Edotecarin可使PDAC對(duì)AG增敏。

圖7 分子對(duì)接分析發(fā)現(xiàn),Edotecarin可干擾AVL9與SKP1的相互作用,從而增加PDAC對(duì)AG方案的敏感性

該研究證實(shí)了AVL9為胰腺癌化療反應(yīng)的潛在靶點(diǎn),機(jī)制方面,研究人員發(fā)現(xiàn)NF-κB通路與AVL9的表達(dá)呈正相關(guān)。進(jìn)一步的體外實(shí)驗(yàn)證明AVL9可通過促進(jìn)P65核轉(zhuǎn)位和激活NF-κB通路誘導(dǎo)AG耐藥,而IκBα的降解是P65核轉(zhuǎn)位的關(guān)鍵步驟。此外,AVL9依賴于SKP1促進(jìn)IκBα降解。分子對(duì)接分析發(fā)現(xiàn),Edotecarin可干擾AVL9與SKP1的相互作用,從而增加PDAC對(duì)AG方案的敏感性。

參考文獻(xiàn)

Ding, J., et al., Hypoxic and acidic tumor microenvironment-driven AVL9 promotes chemoresistance of pancreatic ductal adenocarcinoma via the AVL9-IκBα-SKP1 complex. Gastroenterology, 2024. DOI: 10.1053/j.gastro.2024.10.042.

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