微生物多樣性往往與環(huán)境中的多個(gè)因素相關(guān)，一般實(shí)驗(yàn)設(shè)置中為了探究某個(gè)因素對(duì)樣本微生物的影響，往往會(huì)通過(guò)設(shè)置單一實(shí)驗(yàn)對(duì)照組來(lái)進(jìn)行研究。但是實(shí)際研究中，很多實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)是存在雙因素甚至多因素的分組，這種情況下，常規(guī)做法是拆分成多個(gè)單因素或者整合為一個(gè)組數(shù)較多的單因素分組進(jìn)行分析。這就導(dǎo)致了每個(gè)因素都是單獨(dú)的一份結(jié)果，無(wú)法將其進(jìn)行整體展示，后續(xù)分析過(guò)程中也會(huì)比較繁瑣。

凌恩特推出雙因素?cái)U(kuò)增子分析流程，主要針對(duì)實(shí)驗(yàn)研究中存在的雙因素設(shè)計(jì)，比如不同季節(jié)+不同處理，不同處理+不同時(shí)間等，結(jié)果支持雙因素分組展示，各因素下樣本中微生物組成和多樣性信息一目了然，全方位展示不同因素下樣本中微生物的動(dòng)態(tài)變化。

雙因素?cái)U(kuò)增子分析流程

雙因素?cái)U(kuò)增子實(shí)驗(yàn)設(shè)置樣例如下表所示

雙因素?cái)U(kuò)增子分析流程圖

部分結(jié)果展示

案例分享

• 題目：Biofilms in plastisphere from freshwater wetlands: Biofilm formation,bacterial community assembly, and biogeochemical cycles

• 期刊：Journal of Hazardous Materials

• 樣本類型：微塑料、土壤

微生物可以定殖到微塑料（MP）表面形成生物膜，稱為“塑料圈”，這可以顯著改變其物理化學(xué)性質(zhì)和生態(tài)作用。本研究在4種不同類型的濕地添加MPs進(jìn)行生物膜形成，分別在夏季和冬季進(jìn)行取樣。通過(guò)高通量測(cè)序、網(wǎng)絡(luò)分析和零模型分析，探討了塑料圈與周圍土壤之間細(xì)菌群落的相互作用和組裝機(jī)制。高通量測(cè)序的數(shù)據(jù)顯示，與土壤細(xì)菌群落相比，塑料圈的多樣性較低。網(wǎng)絡(luò)分析表明塑料圈的共現(xiàn)模式簡(jiǎn)單且不穩(wěn)定，零模型表明其群落組裝的異質(zhì)選擇確定性過(guò)程增加。

(a)和塑性圈(b)細(xì)菌群落主坐標(biāo)分析(PCoA)。同一季節(jié)不同濕地土壤(c)和塑性圈(d)細(xì)菌群落Bray-Curtis距離的變化。(e)不同濕地塑料圈間細(xì)菌屬相對(duì)豐度在冬季有顯著差異。

參考文獻(xiàn)

Biofilms in plastisphere from freshwater wetlands: Biofilm formation, bacterial community assembly, and biogeochemical cycles. Journal of Hazardous Materials, 2024.